Запятая после к тому же не ставится. Подробные рекомендации см. в «Справочнике по пунктуации».
Слова "включающей в себя" говорят о том, что перечисленные далее функции присутствуют. Это не означает, что нет иных функций (перечень может быть не исчерпывающим).
Лучше написать: Пусконаладка системы, состоящей из... (если нужен исчерпывающий список).
Сочетания нефтеперерабатывающий завод, швейная фабрика корректны. Вопрос о том, почему одни предприятия в русском языке называются заводами, а другие фабриками, в свое время (а именно в 1954 году) задавал С. И. Ожегову один из читателей его знаменитого толкового словаря. Сохранился ответ Сергея Ивановича читателю, который может служить ответом и на Ваш вопрос:
Наименование промышленного предприятия то фабрикой, то заводом связано с рядом исторических условий. Слово «фабрика» распространяется у нас со времени Петра I. В тех отраслях производства, в которых еще до Петра I имелась форма промыслового или промышленного предприятия, сохраняется название «завод». Такова, например, область металлургии, область производства, связанная с обработкой сельскохозяйственной продукции (кожевенный завод, современные консервный завод, хлебозавод и т. п.). Бумажное производство существовало до Петра I, но предприятия назывались «мельницами», а не «заводами», и со времени Петра I их стали звать «фабриками». Текстильное производство, как правило, не было организовано в форме предприятий, и со времени Петра I, когда появляются текстильные предприятия, они получают названия «фабрик». Исторические условия были, по-видимому, главным моментом, определившим различие наименований промышленных предприятий.
В русской грамматике, как правило, эта часть называется главной частью сложноподчиненного предложения.
Верно слитное написание: природовосстановительный.
Лучше заменить "условия комфорта" на "комфорт".
Наречие пишется слитно: вовне.
Предложение нужно перестроить, например:
Если перечисленные, а также предусмотренные коллективным договором вашей организации условия соблюдены нанимателем, то...
Если нужно подчеркнуть отрицание, следует писать раздельно.
Прилагательное жилищный имеет значение «относящийся к строительству, благоустройству жилья, к эксплуатации жилья, к административному управлению фондом жилых помещений». Толковые словари обычно толкуют это слово, отсылая к существительному жилище, — см., например, в «Словаре русского языка», изд. 2, т. 1, М., 1981, с. 485: «… прил. к жилище; в «Толковый словарь русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведова. М., 1997, с. 194: в составе словарной статьи жилище: …прил. жилищный». Жилой — «такой, в котором живут (или проживают) люди, предназначенный для жилья, проживания».
Прилагательное жилищный употребляется главным образом в сочетании со словами, присущими деловому стилю, оно употребительно в официальных бумагах. Такие словосочетания представляют собой в подавляющем большинстве юридические, административные, номенклатурные термины: жилищное право, жилищный кодекс, жилищное законодательство, жилищное строительство, жилищные условия, жилищный фонд, жилищная квота, жилищная норма, жилищный сертификат, жилищное товарищество, жилищный кооператив, жилищная комиссия, жилищный отдел и т. п., а также устойчивые сочетания книжного характера: жилищный вопрос, жилищная проблема, жилищная политика, жилищная программа и т. п.
Слово жилой тоже представлено в официальных бумагах, в сочетании со словами, обобщённо обозначающими жильё или жилище; список таких слов ограничивается в основном лексемами «помещение» и «площадь»: жилое(ые) помещение(я), жилая площадь. Между тем оно широко используется (во всяком случае по сравнению с прилагательным жилищный) в общелитературном употреблении и в разговорной (литературной) речи. Прилагательное жилой при этом вступает в сочетания со словами общеупотребительными, «нейтральными» по экспрессивной окраске, такими, как дом, квартира, чердак, подвал, этаж и под.
Различие в семантике, значениях рассматриваемых слов хорошо выявляется в текстах, в которых они употребляются одновременно. Например: «… жилищный фонд — совокупность всех жилых помещений независимо от форм собственности, включая жилые дома, специализированные дома (общежития, гостиницы, дома-интернаты и др.), квартиры, служебные жилые помещения, иные жилые помещения в других строениях, пригодные для проживания» (Закон Российской Федерации «Об основах федеральной жилищной политики» от 24.12.1992).
Разных по смыслу сочетаний с одним и тем же словом прилагательные жилой и жилищный не образуют. Есть синонимические словосочетания жилищный фонд и жилой фонд. Общепринятым, закреплённым в нормативных актах, в официальном словоупотреблении, терминологическим сочетанием является жилищный фонд. Словосочетание же жилой фонд допустимо в разговорной речи, поскольку оно соответствует словарному значению прилагательного жилой: «…предназначенный для жилья, проживания»; существительное фонд, как и в словосочетании жилищный фонд, обозначает совокупность известных предметов — в данном случае помещений, пригодных для жилья, проживания в них и таких, в которых уже живут люди.
Правильно: в официальной речи – жилищный фонд, в разговорной речи – жилой фонд.
