Выбор варианта зависит от смысла: копия письма, содержащего... (само письмо содержит что-либо) и копия письма, содержащая... (копия письма содержит что-либо).
Правильны оба варианта.
Деловые письма в большинстве случаев принято начинать словами Уважаемый Имя Отчество! Для частной переписки строгих стандартов нет. Подробно см. в "Письмовнике".
Если письмо пишет директор, то лучше: "прошу Вас". "Просим Вас" - если подчеркивается, что письмо написано от имени всей компании.
Пунктуация в Вашем отрывке верна.
Возможны оба варианта. Выбор зависит от контекста, строя предложения, а также от того, является ли в конкретной ситуации благодарственное письмо наградой.
Верно: Почетной грамоты и благодарственного письма удостоены...
Такая замена неудачна. Содержимым мы называем что-то вещественное, толковые словари иллюстрируют слово содержимое такими примерами: Содержимое папки. Вытряхнул на стол всё содержимое кошелька. Содержимое чемодана. Содержимое желудка. Судорожным, мгновенным движением он опрокинул содержимое [стакана] в рот. [Тульчинский] знакомится с содержимым толстых папок, которые были ему вручены в столице.
Запятую в этом случае принято ставить.
