Фонема – это кратчайшая звуковая единица. Аллофон – конкретная реализация фонемы в том или ином слове. Например, в словах пат и патриот одна и та же фонема <а> представлена аллофонами [а] и [ъ].

Слова число и цифра различаются по значению и по происхождению. Число — единица счёта, выражающая количество (один дом, два дома, три дома и т.д.). Цифра — знак (символ), обозначающий значение числа. См. подробнее: Числа и цифры.

Грамматически в этих примерах два слова: определяемое слово (Волга, царь) со следующим непосредственно за ним однословным приложением (матушка, батюшка). Лексически подобные сочетания имеют тенденцию превращаться в устойчивые выражения (фразеологизироваться), поэтому могут восприниматься носителями языка как одна языковая единица.

Фонема — это абстрактная единица языка, представленная в речи множеством чередующихся звуков. Например, фонетисты различают звуки, которые передаются буквой р в формах цифра, цифру, цифр. Каждый из этих чуть различающихся звуков — конкретная реализация в речи фонемы <р>.

У слова водоросль два корня (вод- и рос-), соединительная гласная -о-, суффикс -ль и нулевое окончание. Суффикс -ль — нерегулярная словообразовательная единица, выделяющаяся в именах существительных женского рода, которые обозначают предмет или явление, характеризующиеся действием, названным мотивирующим глаголом: быль, поросль, прибыль.  

Род¹, -а и -у, предл. в ро́де и в роду́, мн. -ы́, -о́в (первобытная общественная организация; ряд поколений).
Род², -а, мн. -ы, родо́в (единица классификации; лингв.).
Род³, -а, мн. рода́, -о́в (ро́д во́йск, ору́жия).

См. «Русский орфографический словарь».

Суффикс -чк- существует. Это нерегулярная словообразовательная единица, выделяющаяся в имени существительном женского рода со значением предмета, который характеризуется действием, названным мотивирующим глаголом: тяну-ться —> тяну-чк-а. Суффикса -чн- в русском языке не существует. Буквосочетание чн входит в суффиксы прилагательных (тип-ичн-ый, цикл-ичн-ый, масл-ичн-ый и т. п.; карт-очн-ый, юрт-очн-ый, лент-очн-ый и т. п.) и существительных (Иль-иничн-а, Лук-иничн-а и т. п.).

1. См. здесь.

2. Термины воинская часть и войсковая часть имеют разное значение.

Воинская часть - организационно самостоятельная боевая и административно-хозяйственная единица во всех видах вооруженных сил, содержащаяся по установленному штату.

Войсковая часть (по сведениям "Википедии", с отсылкой к "Военному энциклопедическому словарю") — условное (открытое) цифровое наименование (номер) воинской части, корабля, соединения (корпус, дивизия, бригада) и учреждения Вооружённых сил.

Наречия с первой частью впол... (слушать вполуха, играть вполноги) следует отличать от пишущихся раздельно: а) сочетаний предлога в и сложного слова с первой частью пол... и второй частью – названием единицы измерения, б) сочетаний, передающих обычно значение большого размера, например: синяк в пол-уха, отёк в полглаза, румянец в полщеки, лысина в полголовы, очки в пол-лица, туча в полнеба.

Правильно:  отмель в полреки (размер), пашня в полгектара (единица измерения), занавес в пол-окна (размер).