Правильно: Минеральные Воды.

Правильно: строчнАя буква, кОды.

В первом предложении есть стилистические погрешности, во втором явно пропущены логические звенья, что делает его смысл неясным. Их точно нельзя назвать примерами образцового русского языка. 

Правильно: стоящий инструмент (от стоять), стоящий инструмент (от стоить).

Запятые перед тире не нужны, поскольку пояснительные обороты относятся к словам внутри причастного оборота (в первом случае) и придаточного предложения (во втором).

Ударение на окончании: грунтовые воды.

Оба варианта могут считаться правильными, хотя есть нюансы.

Во-первых, безоговорочно можно считать предложно-падежную форму из + Р. п. несогласованным определением, если ее можно заменить прилагательным — согласованным определением. Например, Наф-Наф строит дом из камней = каменный дом. Но есть следующий пункт.

Во-вторых, существенное значение имеет то, актуализирован в контексте материал, из которого строится шалаш, или нет. Если материал важен (например, в сказке о трех поросятах он играет ключевую роль), то предпочтительнее видеть в нашей предложно-падежной форме косвенное дополнение: важно не просто какой строится шалаш (на вопрос какой? можно ответить десятком разных прилагательных, отнюдь не обязательно называющих материал), а именно из чего. Поэтому в той же сказке в конструкциях дом из соломы, дом из веток, дом из камней предпочтительнее видеть косвенное дополнение.

Вывод: целесообразно оценивать контекст. Если контекста нет, то предложение воспринимается как сообщение о том, из чего именно построен шалаш (тогда дополнение). Если же из контекста понятно, что материал не в фокусе внимания (Надо было устраиваться на ночлег. Мы быстро соорудили шалаш из веток, разожгли костер и начали готовить себе ужин), тогда вполне можно считать, что перед нами несогласованное определение.

Орфографически верно: в отраженье, в отражении. См. также ответ на вопрос № 176838.