Два восклицательных знака подряд ставить не следует.
Знак мягкости ставится, чтобы показать качество звуков: [ч'], [щ'], [й']. Обычно это делают в учебной литературе для наглядности. Однако есть и другой подход: мягкость не показывают, поскольку у звуков [ч], [щ], [й] нет твердых пар, а значит, обозначение мягкости избыточно. Такой подход применим в текстах для читателей подготовленных, твердо знающих о качествах звуков русского языка.
Повторять знак номера не нужно: ЦБУ № 1 и 2.
Нет, такая замена правилами не предусмотрена.
Нужно поставить знак препинания в конце предложения, иные знаки не требуются.
Следует писать через дефис: СМУ-5.
Выбор знака препинания зависит от контекста.
Если имеется в виду "Я думал, что это ты (был, сделал и т. п.)", то верно: Я думал, ты.
Мягкий знак писать не нужно.
Знак препинания называется тире. Орфографический знак, соединяющий части слова, носит название дефис. Математический знак вычитания называется минус.
