Традиция оформления программ, оглавлений и тому подобных перечней такова, что после фамилии автора перед названием произведения или указанием на фрагмент произведения ставится точка, а после точки закономерным образом следует прописная буква: И. С. Тургенев. Русский язык; М. И. Глинка. Увертюра к опере «Руслан и Людмила»; А. И. Хачатурян. Вальс из музыки к драме М. Ю. Лермонтова «Маскарад» и т. п. Вы оформляете программы корректно, следуя традиции.

Совершенный вид глаголов-сказуемых говорит о том, что описываемые события происходили не одновременно, а последовательно, а кроме того — неясно, ожила ли древняя земля именно в 1999 году или это произошло чуть позже. Учитывая сказанное, рекомендуем поставить запятую: В 1999 году в монастырь вернулись монахи, и древняя земля ожила. Для подчеркивания быстрой смены событий можно использовать тире: В 1999 году в монастырь вернулись монахи — и древняя земля ожила.

Правило, которое Вы цитируете, никто не отменял. Но есть еще одно правило, связанное с оформлением прямой речи: если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение (не содержат глагола речи), то они начинаются с прописной буквы:

— Скорей, загорелась школа! — И он побежал по домам будить людей.

Возможно, Вам встретился подобный вариант оформления?

С точки зрения русского языка возможны обе трактовки.

Если действие происходит в настоящем, а героиня рассказывает о прошлом, то следует выбрать тот вариант, который будет правильно ее характеризовать.

Так, если она говорит по-старому, значит, она привязана к тому времени и не переучилась называть город на новый лад, а может быть, и не знает, что название изменилось. Если героиня говорит по-новому, скорее всего, она следит за событиями, погружена в современность, а не в прошлое. Так что выбор зависит от того, какими чертами вы хотите наделить персонажа.

Если оборот с повторяющимся словом присоединяется союзом и, то перед союзом ставится запятая, а при подчеркивании присоединяемой конструкции — тире. Ср.: Факты, и только факты могут подтвердить сказанное; В этом, и только в этом заключается правда; Это была победа — и важная победа; Он выигрывал — и как выигрывал! Но Д. Э. Розенталь допускает в такой конструкции и отсутствие знака, если нет интонации присоединения: Через три точки, не принадлежащие одной прямой, проходит одна и только одна плоскость.

Согласно словарю «Как правильно? С большой буквы или с маленькой?» (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова): Вооруженные силы РФ, Генеральный штаб, вооруженные силы. Однако в «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» зафиксированы следующие варианты: Вооруженные Силы РФ, Генеральный штаб РФ. Этот справочник рекомендуется как нормативный источник для оформления официальной документации. Как писать вооруженные силы с указанием других стран, информации в справочниках нет.

Оба слова - и содержание, и оглавление - могут употребляться со значением 'перечень глав или других составных частей книги, рукописи, обычно с указанием страниц, приводимый в начале или в конце текста': Найти нужный раздел, главу по оглавлению. Страницы есть в оглавлении. О содержании журнала, сборника можно судить уже по оглавлению.

НО: слово содержание в русском языке весьма многозначно (словари фиксируют более 6 значений у этого слова), поэтому в канцелярской речи, в документации использование однозначного слова оглавление оказывается предпочтительным.