Пишется со строчной буквы. Однако официально это не отделы, а управления (и каждое управление пишется с прописной). Структура есть на официальном сайте МВД РФ.

Можно называть все иерархически подчиненные элементы перечня подпунктами, но при этом в каждом случае при ссылке на них нужно указывать точное название такого подпункта.

В данном случае запятая после слова союзники не требуется, потому что союзом и соединяются однородные придаточные части (каждая из них начинается с союзного слова который). 

Возможны оба варианта написания (в зависимости от того, о каком департаменте идет речь). Для принятия верного решения нужно в каждом конкретном случае обращаться к правоустанавливающим документам.

Оба варианта корректны.

Предлоги могут повторяться, если нужно логически выделить каждое слово в ряду, но могут и не повторяться, если необходимо подчеркнуть смысловую близость однородных членов. 

1. Прилагательные существенный и принципиальный можно считать синонимичными в данном случае в значении 'важный'. 2. Ударение можно проверять в окне «Искать на Грамоте».

В этом случае прописная буква маркирует начало предложения, повторять ее в каждом элементе слова, произнесенного с речевым сбоем, намеренным или ненамеренным, нет необходимости: Пр-пр-прикинь, что я нашёл.

Вставные конструкции, каждая из которых представляет собой предложение с подлежащим и сказуемым, нужно заключить в скобки: Приглашаем на работу: продавцов (зарплата 300 руб.), кассиров (зарплата 400 руб.).

Наименования самостоятельных подразделений образовательных организаций (институтов, колледжей и т. п.), как правило, пишутся с прописной буквы. Однако в каждом конкретном случае требуется уточнять написание в уставе соответствующей организации.

Запятая перед союзным словом как нужна, так как в каждом случае оно вводит придаточное изъяснительное предложение: 1) понимание, как строятся новые модели; 2) знания, как создать новую последовательность.