Всё зависит от типа текста: рассказывая о своем предке, Вы, разумеется, вправе называть его Тимофеем Михайловичем, однако при цитировании официальных документов должны приводить оригинальную форму записи. 

Слово том-ям еще не зафиксировано нормативными словарями, но можно предложить предпочтительные варианты, исходя из общей тенденции развития орфографических норм: со вкусом «том-ям»; со вкусом том-яма.

Действительно, высказывание лучше разделить на два предложения. Впрочем, возможно и оформление в одном предложении, в этом случае после сочетания а точнее, состоящего из союза и вводного слова, можно поставить тире для выражения неожиданного присоединения (такие нерегламентированные варианты постановки знаков в целом не противоречат принципам русской пунктуации): Я здесь всю неделю, а точнее — я буду здесь всю свою жизнь.

Слова ёлка и ёж можно было записать как *йолка и *йож, чтобы написанное читалось так же. То есть теоретически можно было бы отказаться от букв е, ё, ю, я в начале слова, заменив их сочетаниями йэ, йо, йу, йа. Вопрос: а зачем? Ведь буквы е, ё, ю, я (так называемые йотированные) выполняют две функции: в одних позициях (мел, мёл, люк, мял) указывают на мягкость предшествующего согласного (а если бы этих букв не существовало, пришлось бы придумывать отдельные буквы для обозначения мягких согласных, что весьма неэкономно), в других же обозначают сочетания [йэ], [йо], [йу], [йа].

В случаях типа йогурт, йод, майор, Нью-Йорк и т. п. написание йо указывает на иноязычное происхождение этих слов и, так сказать, намекает на их буквенное оформление в языке-источнике.

Оба варианта правильные. Слово входите подойдет, когда приглашают внутрь помещения, а словом проходите можно предложить как войти, так и выйти. В остальном принципиальной разницы между этими фразами мы не видим.

Эти языковые единицы образуют не синонимическую, а грамматическую пару, поскольку различаются они не семантикой, а грамматическими значениями вида и времени.

Точно так же нельзя говорить, например, о синонимии между словами предлагать и предложить.

Предложение неполное. Чтобы расставить знаки препинания нужно знать контекст. Не видя контекста, можем предложить такую правку: По запросу «QA инженер» на территории России найдено 730 вакансий, из них в Москве — 140, в Санкт-Петербурге — 95.