Язык меняется, и орфография тоже меняется. Действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» были утверждены в 1956 году. Когда писали наши классики (Гоголь, Островский и другие), не существовало единого общеобязательного свода правил русского правописания. Поэтому для ответа на вопрос, как сейчас правильно писать то или иное слово, нужно обращаться не к русской классической литературе, а к современному орфографическому словарю.

Если подлежащее и сказуемое-существительное соединены сравнительным союзом (в данном случае что), то тире обычно не ставится, но может быть поставлено, если автор желает подчеркнуть оттенок сравнения, содержащийся в сказуемом, сравним примеры: Твои речи — будто острый нож (Л.); Такая фраза — всё равно что большой шлем в ералаше (Т.); Эта девушка — как праздник! (Аж.); Срок войны — что жизни век (Тв.).

Корректно через тире: электрохимические покрытия никель — бор — углерод; микроструктура электрохимических покрытий системы никель — бор; сплав никель — бор; композиционный материал никель — углерод; микроструктура КЭП Ni — B — углерод; система диметилформамид — хлорид никеля — морфолинборан; покрытие никель — алюминий — углерод.

См. § 20 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Прежде всего отметим, что словосочетание правила русского языка не вполне корректно: о правилах можно говорить применительно не к языку, а к правописанию (правописание и язык – не одно и то же, хотя в школе на уроках русского языка учат главным образом правильному письму, поэтому у многих и создается впечатление, что изучение языка – это изучение правил орфографии и пунктуации). Применительно к языку следует говорить о нормах – в данном случае (если речь идет о роде слова кофе) нормах грамматических. Нормы фиксируются словарями и грамматиками, и фиксация нормы, разумеется, всегда вторична: не «так говорят, потому что так в словаре», а «так в словаре, потому что так говорят».

Главная особенность нормы – ее динамичность. Если в языке ничего не меняется, значит язык мертв. В живом языке постоянно рождаются новые варианты и умирают старые; то, что вчера было недопустимо, сегодня становится возможным, а завтра – единственно верным. И если лингвист видит, что норма меняется, он обязан зафиксировать это изменение. Появление в языке новых вариантов, действительно, приводит (со временем, иногда спустя очень долгое время) к их фиксации в словарях – это не «подгонка правил под ошибки», а объективная фиксация изменившейся нормы; по словам известного лингвиста К. С. Горбачевича, научная деятельность не должна сводиться «ни к искусственному консервированию пережитков языка, ни к бескомпромиссному запрещению языковых новообразований». В то же время словари, в которых зафиксированы языковые варианты, должны выполнять нормализаторскую функцию, поэтому в них разработана строгая система помет: какие-то варианты признаются неправильными, какие-то допустимыми, а какие-то – равноправными. И это, пожалуй, самое сложное в работе лингвиста–кодификатора: определить, какие варианты сейчас можно считать допустимыми, а какие – нет. Эта работа, разумеется, всегда вызывала и будет вызывать критику, поскольку язык – это достояние всех его носителей и каждого в отдельности.

Таким образом, фиксация новых вариантов, ранее признававшихся недопустимыми, – это не самоцель для лингвиста, а его обязанность, часть его работы (не случайно В. И. Даль писал: «Составитель словаря не указчик языку, а служитель, раб его»). Вместе с тем лингвист обязан отделить правильное от неправильного, нормативное от ненормативного и дать рекомендации относительно грамотного словоупотребления (т. е. все-таки стать указчиком – для носителей языка). Критериев признания правильности речи, нормативности тех или иных языковых фактов несколько, при этом массовость и регулярность употребления – только один из них. Например, ударение звОнит тоже массово распространено, но нормативным в настоящее время не признается, поскольку такое ударение не отвечает другим критериям, необходимым для признания варианта нормативным. Хотя очень вероятно, что  со временем такое ударение и станет допустимым (а через пару столетий, возможно, и единственно верным).

После этого долгого, но необходимого предисловия ответим на Ваш вопрос. Употребление слова кофе как существительного среднего рода сейчас признается допустимым в непринужденной разговорной речи. На письме (а также в строгой, официальной устной речи) слово кофе по-прежнему следует употреблять как существительное мужского рода – такова сейчас литературная норма.

Дело в том, что правила переноса в основном содержат запреты; все возможные разрешенные переносы в них не описаны, да в этом и нет смысла. Перенос ую-том не нарушает ни одного из правил переноса, не подходит ни под один запрет. Следовательно, такой перенос не ошибочен. Конечно, идеальным его назвать нельзя:  таким переносом корень слова разбивается. Но выбора нет, никаким другим способом слово уютом перенести нельзя.

Обратитесь к электронным словарям, представленным на нашем портале (окошко «Проверка слова»), обратите внимание на словарь М. В. Зарвы «Русское словесное ударение». Если в слове есть какие-либо особенности произношения, они указываются в словарной статье. Если помет нет, значит произношение слова вытекает из написания и свойственных русскому языку правил чтения. Например:

скворечник [шн]

молочник, -а (сосуд; торговец молоком)

Рядом со словом молочник помет нет, значит произносится [чн].

Так говорить нельзя. Прямое указание содержится, например, в словаре М. В. Зарвы «Русское словесное ударение»: пов. поезжай и (разг.) езжай [не едь, ехай]. Чтобы убедить мужа, можно воспользоваться печатной или электронной версией словаря. (Если возникнет вопрос об авторитетности словаря: словари, составленные М. В. Зарвой и Ф. Л. Агеенко, несколько десятилетий считаются эталонными справочниками для работников эфира, дикторов радио и телевидения, речь которых должна быть образцовой.)

Ошибка – это несоблюдение правила. А правил, регламентирующих оформление в русском тексте названий, написанных кириллицей, пока не существует (действующие правила правописания приняты в 1956 году, в них такого параграфа по понятным причинам нет). Поэтому можно говорить лишь о тенденциях, существующих в современной письменной речи, одна из них – отсутствие кавычек в названиях, написаннных латиницей. Наличие кавычек поэтому следует считать не ошибкой, а отступлением от этой тенденции.

Правил постановки ударений в фамилиях не существует. В каждом конкретном случае нужно сверяться со справочным изданием (если речь идет о фамилии исторического лица) или узнавать ударение у носителя фамилии.

Так, в фамилиях советского агронома, создателя псевдонаучного «мичуринского учения» в биологии Т. Д. Лысенко и российского тележурналиста А. Г. Лысенко ударение падает на второй слог, а в фамилии украинского композитора Н. В. Лысенко – на первый.