Такое несоответствие, действительно, есть. Пункт «Правил русской орфографии и пунктуации», в котором говорится о необходимости писать первая мировая война, вторая мировая война строчными буквами, устарел и не соответствует современной письменной норме (рекомендация писать эти сочетания строчными во многом была обусловлена идеологическими причинами); сегодня словари фиксируют Первая мировая война, Вторая мировая война. Но вот только устаревшим источник назвать нельзя: «Правила русской орфографии и пунктуации», принятые в 1956 году, по-прежнему являются официально действующим сводом правил русского правописания.

Такое недоразумение – официально действующие правила правописания, в ряде случаев значительно отстающие от современной практики письма, – можно устранить только одним способом: утвердить в качестве официального обновленный свод правил (никаких революций и реформ, разговорами о которых любят нас пугать работники СМИ,  при этом не потребуется: достаточно всего лишь сформулировать заново некоторые – немногочисленные! – пункты правил правописания, исходя из потребностей сегодняшего дня). Работа над новым сводом правил русского правописания была начата около 10 лет назад, но потом была приостановлена на неопределенный срок по независящим от лингвистов обстоятельствам.

Вы задаете очень интересный вопрос. Следует признать, что написание составных названий храмов, соборов, церквей, включающих в свой состав непереводимые иностранные служебные слова, части сан-, санта- и под., недостаточно урегулированы орфографическими правилами и словарями. В правилах говорится о дефисном написании названий с частями сан-, санта- и под., из чего можно сделать вывод о дефисном написании всего названия (Сан-Хуан-де-ла-Пенья), однако в примерах к правилу подобные многокомпонентные названия, к сожалению, не приводятся, что оставляет простор для интерпретаций. В словаре «Прописная или строчная?» (в котором, заметим, разрабатывалась проблема выбора буквенного регистра, а не слитного, раздельного, дефисного написания), мы находим разные написания (напр., Сан-Хуан-де-ла-Пенья и Санта-Мария де Регла). Безусловно, проблема требует изучения. Наша предварительная рекомендация — написать название собора через два дефиса (Сан-Джорджо-Маджоре). Эта форма будет соответствовать общему правилу о дефисном написании географических наименований и фиксации в «Большой российской энциклопедии». В орфографических словарях данное название не отмечается.

Большое спасибо за Ваш вопрос! Мы передадим его орфографистам Института русского языка РАН.

Этимология этого слова не вполне ясна, однако этимологический словарь Макса Фасмера сообщает, что его сближают с греч. τρΒ̄νής, τρΒ̄νός "явственный, ясный, определенный" и с общеславянским глаголом тере́ть "нажимая, проводить взад и вперед по поверхности чего-л.". 

При этом в русском языке прилагательное приторный появилось достаточно поздно. Одна из первых его письменных фиксаций: Сперва приторно мне было в одном чану купаться с людьми, которые больны, господь ведает чем; но теперь к этому привык и знаю, что свойство серной воды ни под каким видом не допустит прилипнуть никакой болезни [Д. И. Фонвизин. К родным (1784-1785)]. Однако "Словарь русского языка XI-XVII" фиксирует слова притороный (1. Тяжкий, мучительный: ...смертью притороною животъ свой скончаеши. 2. Чересчур насыщенный, густой: Дух ... сладостенъ, но притороненъ (Травник 1534), вы́торить (выдержать кого/что в трудных условиях: Выторился на стуже и хмель прошел. Выторить на хлебе и воде) и торный (неупотр. Приторный. По причине сладимости или излишней здобы неприятный, приедчивый). 

Частица вот после предлога употребляется в устной речи, причем не только в бытовой. В устном корпусе Национального корпуса русского языка встречаются примеры (знак / обозначает здесь паузу): Обнаружение этих объектов также стало возможным благодаря вот новой рентгеновской технике (Д. Гальцов. Поиски черных дыр. Программа «Гордон», НТВ, 2003); И в соответствии с вот этой традицией романтического национализма/ о котором я говорил/ Достоевскому предстояло сделать свои заключения о миссии всего народа на основании творчества его самого великого писателя. (А. Зорин. Чувственная европеизация русского дворянства ХIХ века. Проект Academia, ГТРК Культура, 2010) и др. При подготовке устных выступлений к публикации такое вот обычно вычеркивают, в письменном тексте оно не уместно, если только публикатор не стремится передать устную речь как можно точнее, со всеми ее особенностями.

Что касается сочетания благодаря вот вам, то оно, в силу указательного характера частицы вот, близкой к указательному жесту, звучит довольно фамильярно. Это связано больше с самим фактом употребления частицы вот по отношению к адресату, чем с ее позицией после предлога.

Сочетания нефтеперерабатывающий завод, швейная фабрика корректны. Вопрос о том, почему одни предприятия в русском языке называются заводами, а другие фабриками, в свое время (а именно в 1954 году) задавал С. И. Ожегову один из читателей его знаменитого толкового словаря. Сохранился ответ Сергея Ивановича читателю, который может служить ответом и на Ваш вопрос:

Наименование промышленного предприятия то фабрикой, то заводом связано с рядом исторических условий. Слово «фабрика» распространяется у нас со времени Петра I. В тех отраслях производства, в которых еще до Петра I имелась форма промыслового или промышленного предприятия, сохраняется название «завод». Такова, например, область металлургии, область производства, связанная с обработкой сельскохозяйственной продукции (кожевенный завод, современные консервный завод, хлебозавод и т. п.). Бумажное производство существовало до Петра I, но предприятия назывались «мельницами», а не «заводами», и со времени Петра I их стали звать «фабриками». Текстильное производство, как правило, не было организовано в форме предприятий, и со времени Петра I, когда появляются текстильные предприятия, они получают названия «фабрик». Исторические условия были, по-видимому, главным моментом, определившим различие наименований промышленных предприятий.

ИСХОДЯ ИЗ (чего), предлог 

Обороты, присоединяемые предлогом «исходя из», обычно обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу).

Исходя из прошлого опыта, догадываюсь, что это с плиты свалилась сковорода. В. Токарева, Будет другое лето. Исходя из этого, мы засыпаем в амбар для колхозников две с половиной тысячи центнеров. Б. Можаев, В Солдатове у Лозового. Исходя из цифр переписей, показаний свидетелей и других данных, исследователи находят, что число погибших превышало 7 миллионов человек. А. Кузнецов, Бабий Яр. Исходя из этого, ум служит единственно возможным источником наслаждения. А. Чехов, Палата № 6. Мы по-прежнему пытались прогнозировать свое и общее будущее исходя из разумных посылок. Е. Гинзбург, Крутой маршрут. Проект разработан исходя из запланированной стоимости.

Обороты со словами «исходя из» не отделяются знаком препинания от предшествующего союза «а», если оборот нельзя изъять из состава предложения или переместить.

Я ведь не по восторженности отпустил тогда Ислам-бека, господин полковник, а исходя из внутренних убеждений и совести своей. Б. Васильев, Были и небыли.

248">http://www.gramota.ru/spravka/punctum/58248

Большой толковый словарь

Эти фамилии, действительно, могут склоняться – но только в непринужденной устной речи, причем с некоторым оттенком фамильярности. Вероятно, именно о таком разговорном употреблении шла речь на «Эхе». Согласно строгой литературной норме, фамилии на -ых не склоняются (ни мужские, ни женские). Как несклоняемые они отмечены, например, в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка.

Приведем также цитату из работы Н. А. Еськовой «Трудности словоизменения существительных»:

«Особый тип представляют собой русские фамилии на -ых (-их), выдающие свое происхождение от формы родительного (и предложного) падежа множественного числа прилагательных: Белых, Черных, Крученых, Кудреватых, Долгих, Рыжих. По строгим нормам литературного языка такие фамилии не склоняются: лекции Черных, роман Седых, творчество Крученых и т. п.

Примечание. В непринужденной разговорной речи существует тенденция склонять такие фамилии, когда они принадлежат мужчинам, действующая тем сильнее, чем ближе общение с носителем фамилии. Так, в ныне не существующем Московском городском педагогическом институте им. Потемкина студенты сороковых-пятидесятых годов слушали лекции Черныха, сдавали экзамены и зачеты Черныху и т.п. (сказать иначе никому не приходило в голову). Если бы эта разговорная тенденция победила, фамилии на -ых, -их перестали бы отличаться от прочих фамилий на согласные».

Видимо, Вы имели в виду, что перед звуком [э] там, где Вы ожидаете услышать мягкий согласный, произносят твердый. Например, не [м'э]сси, а [мэ]сси.

Тенденция заключается как раз в обратном. Русский язык заимствует из других языков слова с твердым согласным перед [э], например: тент, теннис, тенденция. Но русским словам произнесение твердого согласного звука перед [э] не свойственно. Во всех исконных словах перед [э] произносится мягкий согласный.

Заимствованные слова постепенно меняют свое произношение, встраиваясь в фонетическую систему принявшего их языка. Во многих словах, в которых изначально на иностранный манер произносилось сочетание «твердый согласный + [э]», согласный смягчается. В результате фонетического освоения слова сейчас мы произносим: [д'э]фект, [т'э]рмометр, ши[н'э]ль. Изменения в языке никогда не происходят одномоментно, один вариант сменяется другим постепенно, на протяжении жизни нескольких поколений. Поэтому сейчас мы порой наблюдаем колебания в произношении: как нормативные в современных словарях фиксируются варианты [д'э]рматит и [дэ]рматит, [д'э]по и [дэ]по, [с'э]рвер и [сэ]рвер.

Имя Лионеля Месси еще осваивается русским языком, поэтому колебания в произношении вполне естественны.

Приведем словарную статью для слова алфавит из школьного этимологического словаря «Почему не иначе?» Л. В. Успенского.

Алфави́т. Помните, что мы говорили о нашем слове «азбука»? Оно — точная копия греческого «alfabetos»: оба слова построены совершенно одинаково.

Две первые буквы греческого письма звались «альфа» и «бета». Их история не простая; они были получены греками от финикийцев вместе со всей финикийской, семитической, письменностью. Письменность эта была некогда иероглифической. Каждый иероглиф назывался словом, начинавшимся со звука, который обозначался этим значком.

Первый в их ряду имел очертания головы быка; «бык» — по-финикийски «алеф». Вторым стоял рисунок дома; слово «дом» звучало как «бет». Постепенно эти значки стали означать звуки «а» и «б».

Значения финикийских слов греки не знали, но названия значков-букв они сохранили, чуть переделав их на свой лад: «альфа» и «бета». Их сочетание «альфабе́тос» превратилось в слово, означавшее: «обычный порядок букв», «азбука». Из него получилось и наше «алфавит». Впрочем, в Греции было такое время, когда слово «альфабетос» могло звучать и как «альфавитос»: в разные времена жизни греков они один и тот же звук произносили то как «б» то как «в».