Не вполне ясно, что Вас удивляет. Географические названия, выраженные прилагательными, согласуются с существительными, т. е. принимают форму того же рода, числа, падежа: станица (женский род) Прохладная, станция (женский род) Прохладная, но город (мужской род) Прохладный; улица (женский род) Коломенская, станция (женский род) «Коломенская», но проезд (мужской род) Коломенский. Что касается музея-заповедника, то его название Коломенское объясняется, тем, что когда-то на его месте было село (средний род) Коломенское.

Появление глухого или звонкого звука может быть предопределено его положением в слове. Такая глухость / звонкость оказывается несамостоятельной, «вынужденной», а позиции, в которых это происходит, считаются слабыми по глухости / звонкости.

Глухие парные согласные, стоящие перед звонкими, кроме [в], [в’], [й’], [л], [л’], [м], [м’], [н], [н’], [р], [р’], озвончаются, то есть меняются на звонкие: молотьба [малад’ба́].

Таким образом, орфоэпической норме отвечает произнесение [дд'] на месте [тд'].

Оба названия надо заключать в кавычки (это названия разных космических кораблей), а между ними ставить тире с пробелами. Что касается порядка слов, то в полном официальном названии программы на первом месте стоит наименование американского корабля, что закреплено и в аббревиатуре ЭПАС: Экспериментальный полет «Аполлон» – «Союз» (так зафиксировано, в том числе, и в «Большой советской энциклопедии»). Однако  при написании сокращенного названия в русских текстах принято: программа «Союз» – «Аполлон».

Часть а там — всего лишь хитрый бюрократ представляет собой предложение с отсутствующим сказуемым, не восстанавливаемым из контекста (так называемое эллиптическое предложение). В таких предложениях на месте отсутствующего сказуемого обычно ставится тире (см. «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), параграф 18). В Вашем случае тире после обстоятельства там уместно еще и потому, что оно обозначает паузу, создающую эффект неожиданности.

Вопрос о месте ударения в фамилиях всегда сложен, поскольку вариант нередко выбирается самим носителем. Известно, что фамилия Выготский связана с названием населенного пункта Выго́да (Лев Выготский изменил написание своей фамилии, чтобы отличаться от двоюродного брата Давида Выгодского, который уже был известен как педагог и ученый), поэтому логичен вариант произношения с ударением на втором слоге: Выго́тский. Именно такое ударение зафиксировано в Большой российской энциклопедии.

В разных редакциях этот вопрос решают по-разному. Общего ответа нет.

1. Знаки расставлены правильно. 

2. Недостает запятой перед союзом или.

Оба предложения являются сложными с однородными придаточными частями. В первом предложении однородные придаточные не разделяются запятой, т. к. их соединяет одиночный союз и. Во втором – запятая нужна, т. к. части соединяются повторяющимся союзом ли... или.

Запятая после слова собственников нужна, т. к. далее следует причастный оборот, стоящий после определяемого слова. В остальном пунктуация верна.

Запятые перед тире не нужны, поскольку пояснительные обороты относятся к словам внутри причастного оборота (в первом случае) и придаточного предложения (во втором).