Верно слитное написание одиночного полного причастия с не: из-за тяжёлой работы и неспадающего мороза.

Видимо, после приведенного фрагмента следует во-вторых, а во-первых относится к обеим частям – плавится асфальт и фура может оставить вмятину. В этом случае запятая не ставится, т. к. части сложносочиненного предложения объединены общим вводным словом.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Плечи в русской фразеологии выступают как место ношения чего-то тяжелого: тащить всю работу на своих плечах, взвалить все дела на свои плечи. Выражение выносить на своих плечах (много горя) некоторые исследователи предположительно связывали с правилами вынесения гроба из дома. Выражение это ему по плечу означает, что некто удержит на плечах тяжелую ношу, то есть может справиться с непростым делом.

В обоих случаях нужен предлог для.

Лучше писать: называли Городом мельниц (как образное название города).

На наш взгляд, слова после интенсивных тестов лучше не обособлять.

Не хватает еще одной запятой – после слова понятно.