В нормативных словарях современного русского языка зафиксировано слово файф-о-кло́к, вполне соответствующее по значению. Однако сочетание пятичасовое чаепитие также вполне корректно.

Правильно: общественный транспорт, маршрутные транспортные средства.

Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

Да, это лексически избыточное сочетание, т. к. трудность и тяжесть — синонимы. Сочетание нужно править.

Сочетание как ему удобно не относится к фразеологизмам. Сочетание как есть может быть цельным по смыслу в выражении оставить всё как есть (= оставить в прежнем состоянии), но в данном случае оно представляет собой придаточное предложение: ...на самом деле за этим скрываются заранее упорядоченные, “подтасованные”, как ему удобно, чувства и мысли, которые никогда не показывают себя так, как есть.

Правильно: выпуск пропусков.
 

Корректно: более тяжелый, менее тяжелый, более холодный, худший, больной, меньший.

См. также 250475

Фраза «дрожать от мышей» является неправильной, потому что глагол «дрожать» в русском языке употребляется с существительными, обозначающими эмоции или состояния, а не с существительными, обозначающими живых существ. Например: дрожать от страха, дрожать от страха перед мышами, дрожать от холода, дрожать от волнения. 

Частично досрочный — это словосочетание, состоящее из прилагательного досрочный и примыкающего к нему наречия меры частично.

Словосочетание пишется через дефис, Вы написали верно.