Указанная запятая в предложении нужна. Кроме того, следует изменить падеж имен собственных внутри оборота с союзом как: Исследования таких ученых, как А. А. Иванов, А. Р. Васильева, А. Б. Маркова, затрагивают экономические проблемы северных регионов.

Везде требуется тире: Папуа — Новая Гвинея, Кривой Рог — Сортировочный, Северный Рейн — Вестфалия» и Мекленбург — Передняя Померания.

Нужно либо поставить две запятые, обособив слово неглубоко, либо убрать запятую перед неглубоко. Правила допускают обособление обстоятельств, выраженных наречиями (с зависимыми словами или без них), для смыслового подчеркивания. 

Ваш вариант пунктуации возможен. Если обстоятельство за этой башней является общим, т. е. Нижние ворота, как и башня Нижних решеток, находятся за первой из названных башен, то запятая перед союзом и на границе частей сложного предложения не нужна. Если же нет, то запятую нужно поставить.

Подобные неофициальные названия пишутся строчными: уральская столица, южная столица, ср. также: янтарная столица, икорная столица и т. д.

1. Вы правы, здесь правильно слитное написание чтобы (союз чтобы, в отличие от сочетания местоимения что с частицей бы, можно заменить другим союзом – для того чтобы).

2. Приписывается ли слову особый высокий смысл, решает только автор текста. Ошибкой написание слова родина строчными не является.

3. Употребление местоимения вы вместо ты при обращении к одному лицу само по себе уже представляет проявление уважительного отношения к этому лицу. Окончательное решение о написании Вы с прописной (для подчеркивания этого уважительного отношения) принимает автор текста. Ошибкой вы со строчной тоже не является.

4. Оформление Ура Ура Ура! некорректно. Возможные варианты: Ура! Ура! Ура! или Ура, ура, ура!

5. Запятая после слова вопроса поставлена правильно (между главным и придаточным предложением в составе сложноподчиненного).

Кроме того, очевидна опечатка в слове усилия (должно быть: вы приложили все усилия). Плохо: вина перед моральной стороной вопроса, нужно было выразить мысль по-другому.

В однотипно построенных частях сложного предложения (а здесь именно такой случай) тире нужно. Кроме того, требуется выделить запятыми вводное сочетание однако ж.

В справочнике по пунктуации указывается, что это именно союз, одну из функций которого иллюстрирует приведенное предложение. Обобщающим словом а именно не является и являться не может. «Просто слово» — это можно сказать о любом слове, независимо от его морфологической природы и функции в предложении.