Да, причастный оборот нужно закрыть запятой.

Наименование департамента, в котором использован предлог по, встречается еще в девятнадцатом веке; ср. департамент по ученой части. Современные названия, созданные на основе модели с предлогом по, объединяют самые разные департаменты: по работе, по развитию, по вопросам, по защите, по недропользованию, по транспорту и другие. Вывод: наименования департаментов неоднотипны с грамматической точки зрения. 

Форма слова Химмаш зависит от того, что этим словом названо. Официальное наименование района не склоняется, например: из района Химмаш, в районе Химмаш. Разговорное наименование завода в сочетании со словом район должно стоять в форме род. падежа, например: встретились в районе Химмаша (=около Химмаша). 

Приведенное Вами наименование может писаться строчными буквами, ср.: факультет журналистики, кафедра общего языкознания, отдел культуры русской речи. Однако если в университете есть другие научно-исследовательские лаборатории и уже устоялось их написание с заглавной буквы, то новое название нужно писать по аналогии.

Это неофициальное наименование, но уже вполне закрепившееся. Возможно как написание с прописной буквы (оно  покажет, что перед нами название документа), так и со строчной буквы (оно будет прочитываться как официальное название с предшествующим определением).

Официальное наименование звания — Герой Российской Федерации. Как неофициальное наименование используется сочетание Герой России.

Запятая не нужна. Если предложение или словосочетание, заключенное в кавычки, должно было бы заканчиваться запятой, но дальше следует продолжение текста, то запятая не ставится ни перед закрывающими кавычками, ни после них.

Приведенные Вами варианты различаются стилистически. Первый — официальное наименование, его нужно употреблять в документах, официальной переписке. Второе можно использовать как неофициальное, например в СМИ.

По правилам нужно.

Запрета на употребление аббревиатуры нет, но такой запрет может быть принят конкретными редакциями. В целом аббревиатуры ассоциируются со светскими учреждениями, поэтому сокращение РПЦ может восприниматься как наименование, не подходящее для религиозной организации.