В этих случаях несклоняемость названия допустима и не является нарушением правил. Еще в 1980 году академическая «Русская граммматика» указывала: «Несклоняемость географических наименований нормальна в следующих случаях. <...>  2) Если населенный пункт назван собственным именем известного лица: около Репино (назв. поселка под Ленинградом), недалеко от Лермонтово (назв. небольшого города около Пензы)».

§ 103, о котором Вы пишете, – это параграф «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 года, официально действующих до сих пор (на нашем портале представлена электронная версия этого свода). Понятно, что в 1956 году рекомендации писать строчными буквами названия, связанные с религией, были вызваны идеологическими причинами. Сегодня эти предписания уже не соблюдаются.

Вы не указали год выхода книги, но это может быть или старая книга, или репринтное издание, воспроизводящее старое написание. Дело в том, что до утверждения в 1956 году «Правил русской орфографии и пунктуации» такие наречия, как по-видимому, по-прежнему, могли писаться слитно. Современная орфографическая норма требует только дефисного написания.

Ответ № 317196, на который Вы ссылаетесь, содержит только рекомендацию писать через а сочетание подравнять ряды. Слово подравняться употребляется, если речь идет о людях, в сочетаниях типа бойцы подравнялись (построились в ряды), см. академическое правило, опубликованное в 2022 году на Орфографическом академическом ресурсе «АКАДЕМОС». Ответ № 266929 более не актуален.

Правильно раздельное написание: Спас на Крови. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. Служебные слова выделяются двумя дефисами в середине составных географических названий: Ростов-на-Дону, Комсомольск-на-Амуре. В названиях храмов дефисы не пишутся, ср.: Спас на Бору, церковь Покрова на Нерли.

Написание местоимений Ты, Твой с прописной буквы возможно: а) в церковно-религиозных текстах, когда эти местоимения заменяют слова Бог, Божий, употребляются как обращение к Богу, б) в особом стилистическом употреблении, близком к описанному выше (например, написание с прописной у А. А. Блока при обращении к Прекрасной Даме как к неземной женщине, к божеству).

В 1981 году в СССР на экраны вышел художественный фильм Татьяны Лиозновой «Мы, нижеподписавшиеся». Так что название фильма «Я, робот» в этом смысле вовсе не уникально. Оба названия предполагают некоторую незаконченность, нам, зрителям, предложено восстановить авторский замысел. Тире же исказит смысл, с тире получится просто заявление: я – робот (ср.: я – гражданин Советского Союза).

«Толковый словарь русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова, вышедший в 1935–1940 гг., не может служить источником сведений по современному русскому правописанию (напомним, официально действующие в настоящее время «Правила русской орфографии и пунктуации» были приняты в 1956 году). В словарях русского языка второй половины XX – начала XXI века глагол *нехватать  не зафиксирован.

Да, если это прилагательное обозначает признак непринадлежности чего-либо к немецкому, оно пишется слитно с не, например: В 2002 году Бундестаг после долгих и ожесточенных дебатов принял иммиграционный закон, который, пусть и с множеством оговорок, признал необходимость регулярного въезда на постоянное жительство значительного количества людей ненемецкого происхождения. [«Неприкосновенный запас», 12.09.2002].

Общих правил об оформлении вставок с сокращениями нет. Буквальное значение иностранного слова вводится по-разному, способ может зависеть от типа текста. В специальной, справочной литературе запись обычно максимально короткая, условная (например: восх. к лат. expаnsio ‘распространение, растягивание’), в текстах для широкого читателя возможны развернутые описательные конструкции (например: слово восходит к латинскому expаnsio, которое означает «распространение, растягивание»).