Оба предложения корректны. При выборе следует принять во внимание смысловые нюансы, какие могут выражать словосочетания вопрос о ходе реализации и вопрос хода реализации. В первом случае объявляется тема вопроса (какой по тематике вопрос обсуждался); здесь вопрос то же, что пункт в повестке совещания. Во втором случае слово вопрос может быть близко по значению слову проблема; зависимые слова поясняют суть проблемы, трудной задачи.

Сочетание в том числе имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ, а потому его употребление рядом с предлогом включая будет стилистической ошибкой — плеоназмом. Если нет задачи передать чью-то речь буквально, со всеми погрешностями, то сочетание в том числе нужно убрать из предложения. Если редактирование предложения по каким-либо причинам невозможно, в том числе лучше обособить как присоединительный оборот, носящий характер попутного замечания.

Начнем со второго вопроса. Очевидно, что конструкция ненормативная, стилистически сниженная, т. е. встречающаяся в разговорной речи. В письменной речи она нежелательна из-за трудности ее восприятия. Читающий может подумать, что писавший просто не туда поставил запятую. Но если у пишущего есть задача передать стилистику разговорной речи (например, в речи персонажа), то представляется, что лучше в данном случае поставить вместо запятой тире.

Корректно: Вскоре всё необходимое было приготовлено(,) и работа закипела (запятая факультативна и зависит от того, как пишущий представляет себе ситуацию: и необходимое было приготовлено, и работа закипела вскоре (тогда запятая не нужна) или необходимое было приготовлено вскоре, а работа закипела после этого (тогда запятая нужна); Выполнить задачу было непросто по причине отсутствия опыта, вдобавок дул холодный ветер и шёл дождь. 

Корректно: «Спасибо всем, кто, зная нашу непростую историю, всё равно помогает и приносит соболезнования». Это связано с тем, что согласование сказуемого в относительных местоименных предложениях с главной частью требует использования третьего лица единственного числа. Местоимение «кто» выступает в роли подлежащего и задает форму глагола, а в таких конструкциях оно всегда требует согласования с глаголом в единственном числе.

Мы согласны, что любой из приведенных Вами вопросов гораздо уместнее в этом случае, чем вопрос куда?. На наш взгляд, у слов на зиму скорее обстоятельственное значение (а не определительное), поэтому следует задавать вопрос от глагола: делает запасы (то есть запасается) на какое время? с какой целью? – на зиму. Тогда это обстоятельство времени с дополнительным значением цели.

По программе третьего класса, возможно, на зиму рассматривается как дополнение.

1. Правилен первый вариант. Но если важно сохранить начальную форму (чтобы у читателя не возникло сомнений - Ворбьёв или Воробьёво), то лучше написать в селе Воробьёво. 

2. В специальной литературе принято иллюстративный материал давать курсивом, а значения писать в одинарных кавычках (Тюркское алабуха означает 'окунь'), но в публикациях для широкого читателя Ваш вариант оформления возможен, также возможно набрать слово курсивом, а значение дать в обычных кавычках. 

Здесь нет уточняющего оборота, запятые не требуются.

1. Междометие о не отделяется запятой от последующего слова в сочетаниях с обращениями. Верно: Я же, о Перс, говорить...

2. Запятая между частями сложноподчиненного предложения не ставится, если придаточная часть усечена до одного союзного слова (одиночно употребленное союзное слово теряет функцию придаточного предложения). Знаки препинания перед почему не требуются. Возможна постановка интонационного тире по решению автора.

Запятая и тире могут ставиться как единый знак и как сочетание знаков. Как единый знак запятая и тире возможны в сложном предложении, напр.: Даже вода взволновалась, – вот до чего взыгрались лягушки (Пришвин). Но чаще можно встретить сочетание запятой и тире, где каждый знак стоит на собственном основании, напр.: Важная задача, которую ставят перед собой организаторы олимпиады, – поддержать талантливую молодежь (запятая закрывает придаточное предложение, тире ставится между подлежащим и сказуемым).