Инфинитивную конструкцию бежать за ним можно рассматривать как «представляющую форму», которая называет то, на чем сосредоточивается внимание («Русская грамматика» 1980 г., т. 2, § 2675). Действительно, такую форму можно отделить с помощью тире: Уходит из-под носа мой автобус, но бежать за ним — не побегу, пускай уходит.

Запятая ставится после скобок: В соответствии с Инструкцией о перевозках большегрузными автомобилями, утвержденной приказом Минтранса России от 12 июня 2012 г. N 123 (далее — Инструкция), приказываю...

В данном случае имеет значение, какое существительное перед нами — одушевленное или неодушевленное. Такие существительные мужского рода имеют разные окончания в формах винительного падежа, ср.: видеть мальчика (медведя, рыбака), сказка про мальчика (медведя, рыбака) — видеть бублик (дуб, стол), сказка про бублик (дуб, стол). Иначе говоря, слово колобок выступает здесь как неодушевленное существительное. 

Во всех этих случаях представлены уточняющие обстоятельства (конкретизирующие значение обстоятельства ранее), которые требуют выделения запятыми.

Определяя, как склонять (или не склонять) фамилию, мы должны руководствоваться ее написанием в именительном падеже. Правил написания фамилий не существует; фамилия пишется так, как она зафиксирована в паспорте носителя. Если в паспорте – Негара, значит, фамилию надо склонять. Если бы в паспорте было написано Негарэ, эта фамилия была бы несклоняемой.

Верны оба варианта — с запятой и без. В параграфе 36.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится, что в подобных случаях «после союза но запятая не ставится при отсутствии паузы между союзами и ставится, если пауза делается; ср.: Но когда  он, опираясь на палку, вышел из штабного автобуса на площадь… и, не ожидая, пока его обнимут, сам стал обнимать и целовать всех, кто попадал в его объятия, что-то защемило в ране (Павл.); Но, если  даже противнику удавалось отбить атакующих, пехота снова бросалась в атаку (Сим.)». 

Возможный вариант пунктуации:

Я была настроена ничего не менять в своем внешнем облике, поэтому на вопрос Лены: «Что будем делать?» – решительно ответила: «Обновите цвет и подстригите по старой форме».