1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.

При составных числительных, оканчивающихся на один, сказуемое, как правило, ставится в форме единственного числа. Поэтому верно: Была остановлена 21 скважина.

Форма единственного числа сказуемого указывает на общую совокупность предметов, форма множественного числа – на отдельные предметы. Поскольку в данном случае речь идет о процентах от общего числа учеников (а не отдельных учениках), предпочтительна форма единственного числа: 50 процентов учеников занимается в спортивных секциях.

Вы привели правило о формах винительного падежа (совпадающих с именительным или родительным падежом). А в сочетании без двух минут использована форма родительного падежа. Форма винительного падежа: (вижу) две минуты.

Корректная пунктуация: Соблюдайте "правило трех": цвет подушки должен повториться минимум в трех вещах, которые есть в комнате, например ковриках, занавесках, обоях либо предметах вроде ваз, пледов и ламп.

Дефис нужен. Сложные слова с первой неизменяемой частью пишутся через дефис.

Пунктуация зависит от того, является ли наречие скромно пояснением.

Это пояснение, если перед скромно можно подставить то есть: по-девичьи, то есть скромно, пожала плечами. Кроме того, скромно должно выделяться соответствующей интонацией.

Если такой интонации и значения пояснения нет, то запятая не требуется. По-девичьи является обстоятельством образа действия, которое относится к обстоятельству скромно.

Это предложения с пояснительными членами, которые отделяются запятыми: Выручка выросла на 1 млн, до 20 млн рублей. Выручка выросла на 10%, до 20 млн рублей.

При написании стихотворного текста решение об оформлении принимает автор. Если текст создан давно, следует ориентироваться на написание, зафиксированное в академических изданиях.

Правило простое: при возникновении затруднений обращаться к орфографическому словарю.