Верно: Однажды маленький мальчик гулял утром по лесу и думал, что ему делать.
Запятая не нужна, так как две части предложения, стоящие после двоеточия, по смыслу относятся к первой части и связаны союзом и.
Запятая перед деепричастным оборотом нужна: Катерина встретила свою настоящую любовь, будучи уже замужем. Заметим, что если бы деепричастный оборот начинался с частицы только, то запятую можно было бы не ставить: Катерина встретила свою настоящую любовь только будучи уже замужем. Сравним пример: Они встретились только будучи уже взрослыми («Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, параграф 20.3). Но обратим внимание, что частица только не «запрещает» запятую.
Запятая не нужна: здесь как = в качестве.
Запятые не нужны. В этих предложениях сравнительный оборот выполняет функцию сказуемого.
Перед лишь ставится запятая.
Запятая перед словами и в нем нужна.
Запятая не нужна: После болезни стал более ворчливым, причем без причины.
Тире нужно поставить.
Дополнительных запятых не нужно.