Известно, что такое светило, как Иоан Дамаскин, ошибочно говорил о 7000 лет жизни мира.

Это пояснительный член предложения (можно подставить слова а именно). Пояснительные согласованные определения не выделяются, а лишь отделяются от поясняемого определения запятой, поэтому верно: Село лежало на левом, луговом берегу Дона.

Основной вариант написания в "Википедии": джнана, джнана-йога.

Вы правы в том, что произношение слова в языке-источнике является главным ориентиром при передаче его по-русски. Поэтому в настоящее время наметилась тенденция передавать английское «l» твердым русским согласным. Но это касается тех собственных имен, в отношении которых нет устойчивой традиции употребления, а там, где такая традиция есть, этого делать не стоит. Поэтому давайте оставим такие принадлежащие известным людям имена, как Вальтер, Гендель, Гумбольд, Линкольн и проч., в их устойчивом написании. Что касается фамилии Олкотт, то здесь вполне возможна и передача без мягкого знака. Ничего страшного, если одинаковые фамилии, но принадлежащие разным людям, будут передаваться неодинаково. Например, наряду с фамилией Вульф можно встретить и Вулф. Такое, кстати, может происходить и с русскими фамилиями, ср. Кузьмин и Кузмин. Но это относится преимущественно к собственным именам. Если же слово нарицательное и оно уже попало в словари, то менять его написание нецелесообразно.

Возможные варианты: Декан факультета указал, что зачетная сессия в этом году начнется на две недели позже и Декан факультета указал на то, что зачетная сессия в этом году начнется на две недели позже. Чаще используется более короткий первый вариант.

Это предложение допустимо в непринужденной разговорной речи, названия в таких случаях обычно склоняют: Принеси чек из "Дона Хулио".

Произношение таких слов следует уточнять по словарям. Например, на нашем портале в рубрике "Проверка слова" сведения о мягком и твердом произношении согласного звука перед Е приводит словарь "Русское словесное ударение" М. В. Зарвы.