Сочетание задать вопрос своему президенту корректно, это не ошибка.
Верно: цис-транс-изомерия.
Верно: бежать за самолетом (каким?), совершающим рейс.
Нет оснований для использования кавычек.
Возможно как слитное, так и раздельное написание в зависимости от смысла. Раздельное написание подчеркивает отрицание.
Если местоимение Вы употребляется как вежливое обращение к одному лицу, глагол все равно ставится в форму множественного числа. Ср. обычный вопрос: В случае принятия данного закона Вы бы поддержали его?
Правильно: Не «Бахчисарайский...» ли «...фонтан» вы читаете?
Такое написание невозможно. Правильно: Уже прошли праздники? Прошли ли уже праздники? Возможно также: Ужели прошли праздники? Эта фраза будет означать «неужели праздники прошли?». Устаревшая частица ужели означает 'неужели'.
Если принять во внимание внутреннюю форму слов, то рассуждать можно так: назвать (образовано от глагола звать) предполагает именование, тогда как глагол обозначить (восходит к слову знак) указывает на то, что нечто может выступать в качестве знака.
