Знаки препинания расставлены верно.

Слова версия и теория не синонимы, поэтому в этом предложении мы не рекомендуем заменять одно другим.

Двоеточие ставить не нужно, так как предложение Этого не бывает играет роль приложения при существительном мысль: Но подсознание только хмыкнуло, намекая, что мысль «Этого не бывает» никогда не поможет добиться успеха в поставленной задаче.

Общую рекомендацию дать нельзя. Выбор написания будет предопределяться в каждом конкретном случае контекстом: в одном случае переводная фраза может осмысляться как название, в другом — как толкование значения. В первой приведенной Вами фразе видится возможным двоякое осмысление и, соответственно, написание: Японию часто называют Land of the Rising Sun — Страна восходящего солнца (название) и Японию часто называют Land of the Rising Sun — «страна восходящего солнца» (= что означает...). Во втором примере вводится переводное название, которое оформляется кавычками: американская компания Apple (в переводе — «Яблоко»). 

Оборот в семье учителя пения не является уточняющим обстоятельством, так как уточняющий член предложения ограничивает объём понятия, выраженного уточняемым членом предложения: Внизу,  под железной сетью воздушной дороги, в пыли и грязи мостовых, безмолвно возятся дети (М.Г.) — уточняющие члены расположены по нисходящей градации, т. е. последующий уточняет значение предыдущего. В данном случае ситуация иная. 

Запятая в предложении Этот натюрморт находится в Государственной Третьяковской галерее в Москве не нужна. Обстоятельство места в Москве не является уточняющим, так как обычно уточняющий член предложения ограничивает объём понятия, выраженного уточняемым членом предложения: Внизу, под железной сетью воздушной дороги, в пыли и грязи мостовых, безмолвно возятся дети (М. Г.) — уточняющие члены расположены по нисходящей градации, т. е. последующий уточняет значение предыдущего. 

1. Отсутствие запятой после слова технологий устанавливает связь между ним и УМВД: преступлениям, совершаемым с использованием информационно-телекоммуникационных технологий (каких? чьих?) УМВД по Тюменской области. Очевидно, что причастный оборот, относящийся к определяемому слову преступлениям, заканчивается именно на слове технологий, поэтому запятая после него нужна.

2. Это прямая речь, но в примечании к параграфу 136 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) сказано, что прямая речь не выделяется кавычками, если нет точного указания, кому она принадлежит (прямая речь вводится безличным или неопределенно-личным предложением): Недаром говорится: дело мастера боится (посл.); Про него говорили: строгий, но справедливый.

Запятая ставится по общему правилу (обособляется деепричастный оборот, а в данном случае - вместе с частицей только).