Присоединительный союз в том числе употреблен некорректно. Его функция – обозначать, выделять предмет, на который среди прочего распространяется сказанное в предыдущей части. См. «Справочник по пунктуации». 

Мужская фамилия Немец склоняется. Возможны варианты: Немеца и Немца, но лучше склонять без выпадения гласного (Немеца), т. к. фамилии выполняют в т. ч. юридическую функцию.

Оборот с предлогом согласно здесь выполняет функцию вводного сочетания, поскольку указывает на источник информации. Запятая после него нужна: Согласно А. А. Пушкину, «цитата».

Окончательный выбор – за носителем фамилии, но предпочтительно всегда склонять без выпадения гласного, т. к. фамилии выполняют в т. ч. юридическую функцию: Шелепеня, Шелепеню и т. д.

Эти слова обычно выполняют функцию союза и не обособляются, хотя иногда их выделяют как вводные при соответствующей интонации: Все пришли вовремя. Петя опоздал, тем не менее.

В этом предложении сравнительный оборот как будто во сне выполняет функцию сказуемого при подлежащем всё, поэтому запятая не нужна (запятая между подлежащим и сказуемым не ставится).

Сочетание явно родом откуда-то с юга выполняет функцию несогласованного определения при существительном человек, уже имеющем при себе согласованное определение высокий. В таких случаях несогласованное определение обособляется.

Вы задали очень интересный и сложный вопрос. Он касается сферы, не поддающейся регламентации правилами, сферы, где всё решает вкус, эстетические соображения.

Действительно, правило о стилистическом употреблении прописной буквы открытое, определенного, конечного списка слов нет (и быть не может). Это делает возможным любое слово написать с прописной буквы, если пишущий придает ему особый высокий смысл. Однако стилистическое употребление прописной буквы должно быть обоснованным.

Надо отдать должное студенту за его знание правил орфографии, но можно объяснить ему, что особо высоким смыслом в русской речи наделяются слова, выражающие какие-то понятия духовной сферы. Написанные с прописной буквы Родина, Отечество, Отчизна, Свобода, Добро, Честь, Человек, Учитель, Мастер – это не просто слова, это духовные категории, особо чтимые человеком явления. Можно попросить студента объяснить, какой высокий смысл вкладывает он в слова расписание и календарь. Допустим (пофантазируем), он скажет, что вся жизнь его сейчас настолько определяется календарем и расписанием, что он сравнивает их с Конституцией, священным законом и чем-то подобным. Если объяснение будет убедительным, то стоит обратить внимание студента на то, что такое переосмысление значения допустимо не во всех стилях речи. Есть сферы (например, официальная письменная речь), где оно будет неуместно. Однако в личной неофициальной переписке, в художественной речи обоснованное написание с прописной буквы вполне возможно. Подобные стилистические тонкости русского языка не фиксируются орфографическими правилами, здесь работают общие законы стилистики.

Возможен вариант с двумя тире: Главный герой – Евгений Базаров – учится на доктора.

Название в кавычках при родовом слове не склоняется: ученица школы «Интеграция».