Вы не ошибаетесь. Во-первых, налицо ошибки в правописании: авторские слова внутри прямой речи должны быть написаны со строчной буквы, а перед первым тире должна стоять не точка, а запятая. Однако, по нашему мнению, первое предложение вообще не следует оформлять как прямую речь. В кавычки лучше заключать только вторую часть высказывания. Возможный вариант: Умение хорошо двигаться, быстро переходить с одной позиции на другую – такие особенности своего подопечного отмечает Алексей. «Если ноги у боксера не работают, он превращается в грушу», – поясняет тренер.

Фраза корректна. Мы с Петей - это я и Петя.

Подобный случай действительно нелегко найти в справочниках. И всё же он там упоминается — в примечании 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя:
Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы:
— Скорей, загорелась школа! — И он побежал по домам будить людей.

В примере из справочника прямая речь заканчивается восклицательным знаком, но полагаем, что аналогичным образом можно поступать и с точкой:
— А-а, ничего особенного. — Он изящно взмахнул рукой. — Я и не жаждал туда вступать…

Действительно, в данном случае возможны обе трактовки слов автора: 1) как отдельного предложения (и тогда верно их написание с прописной буквы), 2) как сочетания с глаголом, вводящим прямую речь (глагол грозить, обозначающий жест, вполне может использоваться как заменитель глагола речи). Согласимся, что первая трактовка уместна, если слова и жест не одновременны, а вторая — если одновременны. Заметим при этом, что во втором случае нужно изменить порядок слов, выдвинув глагол в начальную позицию:

— Следи-ка за братиком повнимательнее, он уж больно заинтересованно на утюг смотрит, — грозит пальцем мама Наташе.

В точности такие случаи не представлены в справочниках. Впрочем, исходя из правила «Если между двумя репликами одного и того же говорящего лица находится текст от автора, то ни этот текст, ни последующая прямая речь в отдельные абзацы обычно не выделяются», полагаем, что приведенное оформление корректно. Добавим, что если в дальнейшем собеседник подхватывает новую тему разговора, то уместно оформление нового фрагмента прямой речи с абзаца:
— Я не так уж хорошо его знаю.
Чтобы сменить тему разговора, поспешно продолжаю:
— Кстати, в субботу я иду в кино с Дженни.

Знак нужен, чтобы закрыть придаточную часть. После прямой речи внутри авторских слов, оканчивающейся на вопросительный знак, рекомендуем поставить тире. Поскольку эта прямая речь играет роль приложения при существительном вопрос, двоеточие перед ней ставить не нужно: Вместо того чтобы задавать себе вопрос «А что, если я кого-нибудь собью?» — он научился опровергать это следующим утверждением: «Если я кого-нибудь собью, я обязательно это услышу или почувствую». Обратите внимание, что предложение стилистически неудачно: непонятно, что значит здесь слово это — приведенный вопрос (но вопрос не опровергают) или что-то еще.

В словаре разговорных выражений «Живая речь», изданном В. П. Беляниным и И. А. Бутенко в 1994 году, читаем: Как в лучших домах Лондо́на и По́рижа.