Ограничительно-выделительные обороты с предлогом за исключением обычно обособляются. Не обособляются они только в тех случаях, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но такие случаи очень редки. В Вашем примере оборот ограничивает по смыслу сочетание поездов дальнего следования всех категорий и обособление требуется: ...это правило будет распространяться на купейные, плацкартные и общие вагоны поездов дальнего следования всех категорий, за исключением скоростных поездов.

Запятая ставится (между частями сложносочиненного предложения).

Мы бы предпочли единственное число.

После второго из однородных обстоятельств, соединенных союзом не только... но и, запятая не нужна: Уникальные компоненты связывают токсичные вещества не только в желудке, но и в крови и выводят их естественным путем.

Ваш вопрос очень интересный и важный, потому что история слова входит в комплекс факторов, на основании которых лингвисты определяют норму написания. Слово пока не зафиксировано академическим орфографическим словарем (оно, конечно, сниженное, но словарь фиксирует и такие слова). Изучение его истории требует времени. Мы сможем дать ответ на Ваш вопрос после исследования. А пока отметим, что предварительная рекомендация орфографистов — писать это слово слитно. Один из факторов, влияющих на написание слова, — аналогия с синонимичным и однокоренным похоже.

Если имеется в виду прилагательное чайный, то оно обычно входит в состав словосочетаний с существительным. В этом случае часть пол относится не к слову, а к словосочетанию и пишется раздельно: добавить пол чайной ложки соли (см. параграф 153 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Если же имеется в виду существительное чайная, то часть пол пишется с ним слитно по общему правилу: Большой стол занял полчайной. 

Современной нормой допускается употребление деепричастного оборота в безличном предложении, если оно содержит инфинитив, ср.: «Деепричастие может относиться также к не подлежащно-сказуемостным предложениям, включающим в свой состав инфинитив; обязательным условием такого употребления является совпадение субъекта действий (или состояний), названных деепричастием и инфинитивом» (Русская грамматика. М., 1980. Т. 2. § 2106). Не отвечает литературной норме употребление деепричастий в безличных предложениях, в состав которых не входит инфинитив: *Выполняя это поручение, ему не хватило опыта.

В этом предложении слово один употребляется как прилагательное в значении 'только тот, который указан; единственный' (ср. с примерами из «Большого толкового словаря» под ред. С. А. Кузнецова, иллюстрирующими это значение: В одном труде радость. У меня одни руки замёрзли, ноги в тепле. Всю жизнь знали одну лишь работу. Ты одна моя награда! Одним только детям и художникам свойственно удивляться жизни). Прилагательное входит в группу сказуемого (один стыд). Частица только находится внутри группы сказуемого, а не после подлежащего.