Спасибо Вам за внимательность! Расположение знака сноски в справочнике мы исправим. В § 29.7.9 "Справочника издателя и автора" А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой указано: "Знаки сноски и выноски тех. правила требуют отбивать от предшествующего слова на 2 п. Составители тех. правил ввели, правда, одно исключение — без отбивки от закрывающих предшествующее слово кавычек. Это исключение продиктовано, вероятно, тем, что отбивка на 2 п. после кавычек слишком отдаляет знак сноски или выноски от предшествующего текста. От последующего текста в сноске или выноске техн. правила верстки требуют отбивать знаки сноски и выноски на полукегельную". 

В данном случае запятые между определениями ставятся потому, что второе из них поясняет первое, раскрывая его содержание (возможна вставка слов то есть, а именно). См. параграф 41 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В русском языке есть правила, с которыми мы не согласны, но они остаются правилами.

Это вопрос дискуссионный, потому что само понятие знак препинания может быть истолковано по-разному. В целом система знаков препинания в русском письме уже сложилась и существенных изменений не претерпевает. Но в каком-то смысле новым знаком препинания можно назвать смайлик, передающий на письме интонацию, эмоции. Кроме того, в последнее время существенно расширились функции знака / (косая черта). Если раньше косую черту можно было встретить лишь в формулах, то сейчас этот знак всё чаще встречается в письменных текстах в функции близкой к союзам и и или, как знак альтернативности понятий или обозначения единого сложного понятия. Можно ли считать его знаком препинания? В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006) употребление этого знака описано в части «Орфография» (раздел «Правила употребления небуквенных знаков»), но оправданно и определение его как несистематического знака препинания. См. статью С. В. Друговейко-Должанской «Знаки "препинания"».

Во-первых, вопрос о выделении корня по-разному решается при собственно морфемном и при словообразовательном анализе. А во-вторых, словообразовательный анализ может быть синхроническим и диахроническим, то есть его результаты зависят от того, рассматриваем ли мы язык в одну определенную эпоху или же анализируем изменения в нем на протяжении какого-то отрезка времени. Поэтому результат членения на морфемы может быть разным, и при этом во всех случаях правильным.

Главный лексикографический труд А. Н. Тихонова «Словообразовательный словарь русского языка» основан на синхроническом словообразовательном подходе, при котором корень приравнивается к непроизводной основе в современном языке. Исходя из того, что слово белорус семантически обособилось от слова белый, которое исторически являлось одним из производящих, непроизводная основа белорус- в этом словаре приравнивается к корню. Это результат применения синхронического словообразовательного анализа, результаты которого в ряде случаев были перенесены в «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова.

Необходимо отметить, что последовательное установление словообразовательных связей на синхроническом уровне во многих случаях является спорным. Например, слово великоросс А. Н. Тихонов рассматривает как сложное на том основании, что оно мотивировано устаревшим непроизводным словом росс, что не совсем корректно при синхроническом анализе.

При диахроническом словообразовательном анализе в слове белорус выделяются два корня (бел- и -рус) и соединительная гласная о; способ словообразования ― сложение.

Собственно морфемный анализ включает не только формо- и словообрзовательный анализ, но и членение по аналогии. При этом виде анализа непроизводные в синхроническом аспекте основы могут оказаться членимыми. Одним из примеров является слово белорус, которое включает два корня (бел- по аналогии с Белоозеро, белошвейка и т. п. и -рус по аналогии с рус-ист, рус-о-фил, угр-о-рус и т. п.) и соединительную гласную о-.

В «Морфемно-орфографическом словаре» собственно морфемное членение имеют многие сложные слова с первым корнем бел-, несмотря на то, что в их значении нет прямого соотношения со словом белый, например: бел-о-руч-к -а ‘тот, кто избегает физического труда, трудной или грязной работы’; бел-о-ус ‘травянистое растение семейства злаков с жёсткими щетиновидными листьями’ и др. То есть собственно морфемное членение в ряде случаев проводится вполне последовательно.

Основным словарем, отражающим морфемный состав слова, а не его словообразовательные связи, является «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой. Однако он содержит около 52 000 слов, практически в два раза меньше, чем «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова, так что не все слова в нем можно найти. Поэтому для анализа структуры слова прежде всего необходимо понимать принципы разных типов анализа.

Да, употребление слова кушать допустимо далеко не во всех контекстах, см. об этом слове в «Словаре трудностей».

1. По сложившейся орфографической традиции после приставки рас- пишется либо счит (рассчитывать, рассчитаться), либо чет (расчет, перерасчет). 

Все эти слова являются однокоренными и связаны словообразовательными связями. Они содержат корень с чередованием -чит-(-чет-) и по правилу должны содержать два с – одно в приставке рас-, а другое в приставке с-. См. словообразовательную цепочку: считать – рассчитать – рассчитывать – перерассчитывать. Однако при образовании существительного расчет от глагола рассчитать одно с «теряется», и все слова, образующиеся от слова расчет, пишутся уже с одной с: расчет – перерасчет, расчет – расчетливый – расчетливо – нерасчетливо и т. д. 

Обратите внимание, что слово бессчетный пишется по правилу, без потери согласной: считать – счет – бессчетный.

2. Ваш пунктуационный вариант возможен. Ошибки нет.

3. Когда-то привычные нам знаки тире, многоточие, кавычки были новыми. Они вошли в практику письма и были «узаконены» в правилах в ХVIII в., уже после того как М. В. Ломоносов сформулировал правила употребления запятой, точки с запятой, двоеточия и знаков конца предложения. Отрицать возможность появления и закрепления в правилах новых графических знаков (например, смайликов) нельзя. Однако если это и произойдет, то не скоро.