Второй вариант предпочтительнее: при транспортировке и в полёте на малых скоростях.

Форма извиняюсь - разговорно-просторечная. Вот как писал о слове извиняюсь известный русский лингвист А. Селищев: «Со времени войны (1914 г.) в России вошел в широкое употребление словеcный знак вежливости-извинения "извиняюсь" (извиняюс). По основе и по форме это образование употреблялось и раньше. "Опять тысячу раз извиняюсь, что сбиваюсь с прямой дороги в сторону" - писал Гончаров. "Извиняюсь, что не ответил никому до сих пор" - в "Дневнике писателя" Достоевского. Отличие от теперешнего извиняюсь заключалось в том, что извиняюсь в речи Гончарова, Достоевского и других находилось в сочетании с другими словами в предложении и имело обычное реальное значение, - значение выражения извинения, искреннего, иногда глубокого раскаяния, что подчеркивалось словами "1000 раз" и т. п. Посредством этой формы извиняется и взволнованный чеховский дядя Ваня. "Ну, ну, моя радость, простите... Извиняюсь (целует руку)". Совсем не по своему реальному и формальному значению теперешнее извиняюсь: оно употребляется отрывочно, вне сочетания с другими словами, служит формальным словесным знаком, произносимым при определенных обстоятельствах, - знаком, мало соответствующим этим обстоятельствам: полного значения просьбы здесь не выражается» (А. Селищев. Язык революционной эпохи. 1928). Написано давно, а актуально до сих пор.
В современных толковых словарях форма извиняюсь также дана с пометой разг. (разговорное).
Правильно извини, извините, слово извиняюсь полного значения просьбы не выражает. Извиняюсь – это как «товарищ коллежский асессор».

1. Написание зависит от типа подразделения. Например, в названиях институтов, входящих в состав университета, первое слово пишут с прописной, а название кафедр, отделов – со строчной. 

2. Положение инициалов по отношению к фамилии в некоторых случаях регламентируется. Например, в соответствии с ГОСТ Р 6.30–2003 «Унифицированные системы документации. Унифицированная система организационно-распорядительной документации. Требования к оформлению документов» при адресовании документа должностному лицу его инициалы указывают перед фамилией; при адресовании документа физическому лицу указывают сначала фамилию, потом инициалы; в грифе утверждения документа инициалы ставятся перед фамилией. Новый стандарт (ГОСТ Р 7.0.97–2016 «Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Организационно-распорядительная документация. Требования к оформлению документов»), который подготовлен взамен ГОСТ Р 6.30–2003 и будет введен в действие 01.07.2018, содержит в некоторых случаях иные рекомендации.

Ваше наблюдение верное: предложное сочетание тренер по (чему-либо) включает существительное, обозначающее вид спортивной деятельности. Очевидно, что выражение тренер по вратарям к такому ряду номинаций не относится. По сравнению с ним, словосочетание тренер вратарей и в смысловом, и в грамматическом отношении совершенно корректно. Однако это словосочетание не передает ясно и отчетливо ту идею, какая объединяет сочетания с предлогом по, — идею специализации тренеров, их профессионального деления с учетом конкретной практики. При необходимости обозначить специализацию (важный аспект в профессиональной коммуникации) выручают нестандартные обороты, такие как тренер по вратарям (ср. также в бизнес-среде тренер по персоналу).

Надеемся, что мы верно поняли Ваш вопрос о правилах употребления буквы э в современном русском письме. Едва ли есть какие-то особенности ее употребления применительно именно к заимствованиям из японского языка. История буквы э в русском алфавите весьма непроста. Написание е после твердых согласных, парных по твердости-мягкости, в заимствованиях типа тире, модель (вместо *тирэ, *модэль) и др. (то есть написание смягчающей буквы е в заимствованных словах после парных по твердости-мягкости согласных в тех случаях, когда они обозначают твердый согласный звук) само по себе является нарушением слогового принципа графики. Для читающего это нередко становится причиной орфоэпических трудностей: как произносить — О[д'э]сса или О[дэ]сса, эс[т'э]тика или эс[тэ]тика, б[р'э]нд или б[рэ]нд?

Еще в 1930-е годы академик Л. В. Щерба замечал, что «прямо преступно не пользоваться всеми возможными в русской графике средствами для указания правильного произношения». Однако при этом возникала бы иная проблема: что делать по мере обрусевания заимствованных слов, при котором твердые согласные перед э заменяются мягкими (ведь согласный перед орфографическим е остается твердым, как правило, лишь в таких заимствованных словах, которые еще не стали общеупотребительными или сохраняют принадлежность к научному или высокому стилю речи: наши бабушки говорили му[зэ]й, наши мамы — к[рэ]м, а теперь эти слова произносятся в соответствии с написанием), — снова корректировать написание таких слов, меняя при их обрусевании э на е? Это показалось невыгодным, и правилами 1956 года было утверждено написание буквы э после твердых согласных лишь в трех нарицательных существительных (мэр, пэр, сэр), а также в именах собственных. Таким образом, написание буквы е в подобных случаях учитывает изменение произношения слова в будущем и является более практичным. Однако с конца ХХ века написание новых заимствований с буквой э проникает в печать всё чаще и чаще, поскольку это зачастую единственный способ подсказать читателю произношение таких слов. Написание с э сохраняется до тех пор, пока слово еще недостаточно хорошо освоено языком и осознается как явно иноязычное.

Показатель возвратности -ся в русском языке имеет несколько значений, о которых см. ответ на вопрос 313696. Среди этих значений — пассивное, так что сочетание пуховики шьются (из какой-либо ткани) вполне обозначает, что их кто-то шьет. Другое дело, что глагольные формы пассивного залога на -ся считаются одним из признаков «канцелярита», так что за пределами официально-делового стиля их следует избегать, заменяя, например, на неопределенно-личные предложения типа пуховики шьют (из какой-либо ткани).

Слова при этом не нужно выделять запятыми.

Лучше заменить на слово количество.

Запятые не требуются. Также не требуется наращение при цифре 2, а еще лучше использовать буквенное написание: двух единиц.

См. в «Непростых словах».