Вы правы в том, что кавычки употреблены неудачно. Если их и ставить, то закрыть нужно после фамилии. Однако при употреблении названия не в юридических документах в форме школа № 2129 имени Героя Советского Союза П.И. Романова кавычки не нужны вообще. 

Ответ департамента образования тоже верен: нормы употребления кавычек не устанавливаются законодательно. Как записали название в уставе, так и будет оно воспроизводиться во всех документах. Чтобы изменить название, нужно произвести сложные юридические действия, на это нужна добрая воля руководителя организации и его руководства. Изменение даже только кавычек в названии влечет за собой множество юридических проблем, поэтому обычно названия сохраняют в том виде, в котором они уже закреплены.

Предпочтительно слитное написание.

Нежелательно повторение в одном предложении знака тире, когда знаки ставятся на разном основании. Тире может повторяться только в равнозначной позиции. Поэтому первое тире лучше заменить на запятую: Владимир Евгеньевич родился 30 сентября 1968 г. в Архангельске, на родине крупнейшего отечественного мыслителя и основоположника науки — Михаила Васильевича Ломоносова.

Указания в адресах обособляются как уточняющие обстоятельства.

См. ответ № 237848.

Официально действующим в настоящее время сводом правил русского правописания являются «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года.

Запятая в указанном месте нужна, поскольку там заканчивается причастный оборот.

Орфографически правильно написание слова глава в знач. 'руководитель' строчными буквами: глава администрации города N, глава районной управы и т. д. Однако в официальных документах наименования должностей в субъектах Российской Федерации пишутся в соответствии с их конституциями (уставами), ср.: глава администрации (губернатор) Краснодарского края, но: Глава Чеченской Республики. См. «Справочник по оформлению нормативных правовых актов в Администрации Президента Российской Федерации».