Корректно: То же самое: настроил, запустил, все боты работают, а Hello молчит как партизан.

Грамматически корректно: Справедливость этой мысли можно подтвердить на примере личности Петра I.

Судя по данным Национального корпуса русского языка, оба сочетания возможны, но сочетание глубина мыслей встречается гораздо реже, а в современных текстах примеры его употребления и вовсе единичны. Глубина мысли предпочтительней.

Распространенные приложения, стоящие после определяемого слова — существительного или местоимения, а также отделенные от них другими членами предложения или относящиеся к отсутствующему члену предложения, обособляются запятыми.

В данном случае слова собака такая выступают в роли приложения. Поэтому верно: Зуб болит, собака такая.

В таких случаях используется форма единственного числа: У них болит голова, у них болит горло.

Форма множественного числа существительного горло образуется способом, стандартным для существительных среднего рода на -о: горла. Сравним: сёла (от село), средства (от средство).

В этом предложении слово трогательно является кратким прилагательным — именной частью составного именного сказуемого при подлежащем это.

Запятая не нужна, т. к. определительный оборот созвучные моим стоит перед определяемым словом мысли.

Правильно: Её мысли были крайне путаны. Её мысли всегда путаны.

Правило таково. Краткие формы прилагательных с качественным значением, полные формы которых передаются на письме с одним н, пишутся так же, как полные. Примеры: делана, делано, деланы (от деланый 'неестественный, принуждённый'); путана, путано, путаны (от путаный 'нелогичный, сбивающий с толку'); учёна, учёно, учёны (от учёный 'основательно знающий что-либо'). Так же пишутся формы сравнительной степени (деланее, путанее, учёнее) и наречия на -о (делано, путано). См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2016. § 104.