Правильно: гриб поганка. Пишутся раздельно два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов.

Это вполне употребительное слово. См., например:

Побрел к пристани и сидел там, один, не чувствуя ветра и усиливающейся измороси [Гузель Яхина. Дети мои (2018)]; Ее все приметили и удивлялись, чего она стынет в измороси, вместо того чтобы спрятаться в дупло [Юрий Нагибин. Бунташный остров (1994)] и др.

В художественной литературе можно встретить примеры, подтверждающие возможность такого употребления; ср.: «Приятели Дмитриева по КПЖ (клуб полуженатиков), к которым Дмитриев кидался в минуты отчаянья, когда ссорился с Леной, были люди малоимущие — их состояния заключались у кого в автомобиле, у кого в моторной лодке, в туристской палатке, в бутылках французского коньяка или виски...» [Юрий Трифонов. Обмен].

Правильно: врио начальника. Расшифруем: временно исполняющему обязанности (кого? чьи?) начальника.

Да, можно. См., например: К слову сказать, она слишком громко плакала, когда расставались у причала и когда за ней уже по пятам ходил местный ее муж, — могло дойти до скандала... [Владимир Маканин. Человек свиты (1988)]; Дело иногда доходило чуть ли не до скандала, но заканчивалось тем, что материалы других авторов принимали, а его нет [Юрий Никулин. Как я учился ходить (1979)] и др. 

Да, местоименное слово что в значении «который» может использоваться в придаточных определительных предложениях, относящихся к одушевленным существительным, например: Александр Романов, офицер, что был у вас дома и рассказывал о Фоме, снова арестован и сидит у нас... [Даниил Гранин. Зубр (1987)]; Соседка, что жила напротив и приходила поздно, горячилась больше всех [Юрий Трифонов. Дом на набережной (1976)]. Как и перед любым придаточным, запятая перед ним нужна.

См. также ответ на вопрос 315841.

Эти варианты равноправны.

Спасибо за замечание, ошибка исправлена.

См. в словарях.