Да, эталонное ударение именно такое — на́ ногу.
Корректно: Эта тенденция устойчиво сохраняется на всех последующих стадиях (начало сегментации, глазные бокалы) и становится особенно выраженной на стадиях хвостовой почки и выклева.
Верно: в начале XVIII и XIX веке.
Запятая не нужна. Деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения (такое деепричастие от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием).
Запятая нужна. Однако вместо нее возможно тире.
В образцовой литературной речи название склоняется: Северного Медведкова. О склонении топонимов см. наш подробный материал «В Простоквашино или в Простоквашине? Надо ли склонять русские топонимы».