Следует писать строчными буквами: заместитель генерального директора.
Правильно: заместитель генерального директора.
Правильно: и. о. генерального директора (но: врио – временно исполняющий обязанности).
Вы правы. Правильно: зам. генерального директора. С большой буквы пишутся только названия высших государственных должностей (и то лишь в текстах официальных документов).
Правильно: действующего.
Да, мужская фамилия Истратий склоняется. В лице генерального директора Истратия – правильно.
Верен первый вариант.
Верен второй вариант.
В обоих случаях верно со строчной (маленькой) буквы. Вы написали правильно.
В текстах официальных документов правильно с прописной: Генеральный прокурор РФ. При неофициальном употреблении корректно написание со строчной: по словам генерального прокурора...