Здесь всё зависит от того, идет речь об одном и том же договоре или о двух разных. Если это один и тот же договор, союз или имеет значение «то есть» и перед ним ставится запятая. Если это разные договоры, союз или имеет разделительное значение и перед ним запятая не нужна.

Если подразумевается, что исполнительным органом является компания (не ООО), то верный вариант: Директору управляющей компании ООО «Жасмин», являющейся исполнительным органом ООО «Черёмуха».

Согласно словарным толкованиям союз а также употребляется для присоединения последнего слова или словосочетания в ряду двух и более единиц, обозначающих однородные в определённом отношении предметы, признаки, действия и т. п., и, указывая на полную завершённость перечисления, акцентирует, выделяет, придаёт добавочный характер последнему члену ряда. Таким образом, предложение "Приём осуществляется в представительстве управляющей организации лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа управляющей организации, а также иными уполномоченными лицами" следует понимать так: приём осуществляется или лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа, или иными уполномоченными лицами. 

Правильно: ...с возможностью индексации ставки один раз в два года не более чем на 5 %.
 

Да, запятая нужна: по информации (кого, чего, чьей) — вводное сочетание.

Первая запятая факультативна, но в данном случае она облегчает восприятие высказывания, так что пунктуация корректна.

Верно: Благодарственное письмо машинисту общества с ограниченной ответственностью «Управляющая компания "Ромашка"».

Корректно: управляющая, исполняющая обязанности. Но: назначить управляющим (исполняющим обязанности) Петрову.

Возможны варианты:

В связи с этим возникает вопрос, должно ли ООО изменить в ЕГРЮЛ свой адрес на адрес управляющей компании.

В связи с этим возникает вопрос: должно ли ООО изменить в ЕГРЮЛ свой адрес на адрес управляющей компании?

Дело в том, что произнесение "трех и пяти десятых месяца" (с управляющей дробной частью числительного) неупотребительно (хотя формально - правильно). Можно произнести "трех с половиной месяцев" и оформить это на письме как 3,5 месяцев.