Слово рамен всё еще не зафиксировано нормативными словарями русского языка, поэтому говорить о правильном ударении преждевременно. Мы отвечали на этот вопрос год назад, изменений пока нет.

Запятая нужна. Наречие ныне разрывает синтаксическую связь сочетаний г. Раменское и Московской области, в результате образуется неполное предложение, восстанавливаемое примерно как ныне [это город] Московской области. 

Даже в отсутствие словарной фиксации можно однозначно утверждать, что написание раменъя недопустимо. По правилам русской орфографии разделительный ъ пишется после согласных перед буквами я, ю, ё, е только в 3 случаях: 1) после приставок, оканчивающихся на согласный (объехать); 2) в сложных словах после начальных частей двух, трёх, четырёх и в словах панъевропейский, фельдъегерь; 3) при передаче иноязычных собственных имен и производных от них слов (Кизилъюрт). Во всех остальных случаях в разделительной функции используется ь. Понятно желание авторов статьи подчеркнуть твердость согласного н, но в разделительной функции ь не указывает на мягкость предшествующего согласного и может использоваться в том числе после твердых согласных (ср. шью).

Вы совершенно правы, обратив внимание на устаревшую рекомендацию 2007 года: с точки зрения орфографических норм и тенденции в их развитии следует рекомендовать дефисное написание со строчной буквы (том-ям).

Это слово пока не зафиксировано в нормативных словарях русского языка, поэтому пока нельзя говорить о «правильном» и «неправильном» написании. Слово продолжает осваиваться языком.