Запятые не нужны.   

Словарной рекомендации нет, но, как правило, если обе части составного существительного склоняются, то род всего сложносоставного существительного определяется по роду первого слова: подписанный план-задание. 

Сказуемое согласуется по роду с родовым словом (ОАО), а его нет, а название несклоняемое, то родовым понятием (в Вашем примере это слова корпорация и компания). Таким образом, верно: SML Structurals должна направить подписанный договор. ОАО "Примус" согласно с данным пунктом. PowerJet отклонила это предложение.

Запятая не ставится.

Кавычки не нужны.

Можно так: подписанный сторонами с помощью электронно-цифровой подписи.

Запятая не нужна.

Если договор подписал генеральный директор, то верно: договор, подписанный генеральным директором.

Запятая не нужна. Перед неповторяющимися разделительными союзами или, либо между однородными членами предложения запятая не ставится.

1. Согласованный и подписанный Сторонами в установленном порядке акт сдачи-приемки оказанных Услуг является документом, подтверждающим принятие Государственным заказчиком от Исполнителя исполнения обязательств по Договору, и основанием для оплаты Услуг на условиях, предусмотренных Договором.

2. Пеня начисляется за каждый день просрочки исполнения Исполнителем обязательства, предусмотренного настоящим Договором, начиная со дня, следующего после дня истечения установленного настоящим Договором срока исполнения обязательства, и устанавливается настоящим Договором в размере одной трехсотой действующей на дату уплаты пени ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации от цены настоящего Договора, уменьшенной на сумму, пропорциональную объему обязательств, предусмотренных настоящим Договором и фактически исполненных Исполнителем.