Признаком «косвенного вопроса» является не наличие частицы ли или каких-либо еще слов, а отсутствие прямой адресованности, то есть тот признак, который в вашем вопросе и приведен как «переформулирование в косвенную речь из прямой». Наличие частицы ли объясняется только тем, что в модальных вопросах она является главным средством формирования вопросительности, а при переводе в косвенную речь сохраняется и попутно превращается еще и в средство подчинительной связи. Но вопросы бывают не только модальные, но и диктальные, и в них вопросительность создается при помощи вопросительных местоимений (Где твоя шапка?; С кем ты идешь на концерт? и т. п.). Такие вопросы при переводе в косвенную речь тоже сохраняют исходное средство вопросительности — местоимение, но оно превращается в относительное и тоже служит средством подчинительной связи: Мама спросила, где моя шапка. Здесь мы тоже видим «косвенный вопрос», но, как видите, ни частицы ли, ни других приводимых Вами слов здесь нет и быть не может.

Поэтому приводимые Вами вопросы, конечно, являются прямыми. Не следует принимать частный случай за диагностический признак всех «косвенных» вопросов.