Верно: на южном ходу железной дороги.

В профессиональном языке железнодорожников и в текстах СМИ соответствующей тематики действительно используется термин "ход", который обозначает определенные направления, маршруты или линии в железнодорожной сети, например "южный ход" Транссибирской магистрали. В предложном падеже в профессинальной среде принято использовать форму на "южном ходу".

Возможны оба варианта. Оба варианта — "защита по "сухому ходу"" и "защита по "сухому" ходу" — могут быть корректными, решение зависит от контекста. Если "сухой ход" рассматривается как единое понятие или термин, то кавычки можно ставить вокруг всего выражения: "сухому ходу". Если же выделяется именно слово "сухой", то уместно оставить кавычки только вокруг него.

Верно: Жизнь не крапива, а скорее мать-и-мачеха. В этом предложении необходимо поставить запятую перед союзом "а", так как здесь присутствует противопоставление. Другие запятые не нужны.