Корректно: 1. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Федеральный исследовательский центр «Институт ...............» (ИОФ РАН), именуемое в дальнейшем «Покупатель»... 2. ...в лице Генерального директора Гусевой Евгении Николаевны, действующего на основании...

Нормативное управление глагола размышлять: о ком-чем. Однако в живой речи нередко встречаются конструкции размышлять над чем: Иногда он даже размышляет над этим вопросом, но он уже отвык размышлять над вопросом другим: кого он воспитывает? [А. С. Макаренко. Книга для родителей (1937)]; На протяжении всего пути до прокуратуры он размышлял над вопросом о двух выстрелах в лжемилиционера [Н. Н. Шпанов. Ученик чародея (1935-1950)]. На наш взгляд, такое употребление грешит разговорностью.

Да,здесь есть нарушение лексической сочетаемости: глагол искромсать может сочетаться лишь с неодушевленными существительными.