В этом случае перечень представляет собой часть одного вопроса, так как оба элемента связаны подчинительной связью с рядом глаголов разрабатывает, согласовывает и утверждает. Поскольку вопрос один, знак конца предложения ставится только после заключительного элемента перечня:

Кто разрабатывает, согласовывает и утверждает а) проектную документацию на реконструкцию, б) документацию на техническое перевооружение?

В этом случае перечень мероприятий не входит в вопросительное предложение, а представляет собой самостоятельную сущность — варианты ответа на вопрос. Уместно оформление такого фрагмента в виде теста:

Какие из перечисленных мероприятий следует вносить в производственную программу?
а) модернизация аэротенков;
б) капитальный ремонт насосного агрегата;
в) реконструкция водопроводной насосной станции;
г) новое строительство канализационной насосной станции;
д) капитальный ремонт здания воздуходувной станции;
е) снос (ликвидация) метантенков.

1. В этом случае прямая речь представляет собой приложение к существительному угроза, поэтому двоеточие перед ним, согласно правилам, не ставится; в целом предложение оформлено корректно. 2. Знаки препинания расставлены правильно.