Ответы справочной службы
Названия Нарва и Валга склоняются, т. к. эти названия освоены русским языком. В правиле, которое Вы цитируете, речь идет в первую очередь о малоосвоенных названиях.
Справочники
В городе Москва или в городе Москве? Названия в сочетании с родовым словом Географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река и др., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование. Правильно: в городе Москве, в городе Санкт-Петербурге, из города Киева; в деревню Ивановку, из ...
...Как склонять географические названия?...
....: Toulouse, Genève, Lausanne); склоняются японские географические названия, оканчивающиеся на -а безударное: Осака – в Осаке, Фукусима – из Фукусимы; не склоняются эстонские и финские наименования: из Ювяскюля, на Сааремаа; испытывают колебания при склонении...