Корректно: Приказом установлена зона санитарной охраны скважины № 95 — подземного источника питьевого водоснабжения АО «Муссон», расположенного в Гагаринском районе города Севастополя; Приказом установлена зона санитарной охраны скважины № 95 (подземного источника питьевого водоснабжения АО «Муссон»), расположенной в Гагаринском районе города Севастополя.

Да, согласование верно, так как определение расположенный согласуется со словом объект.

Сочетание город-спутник (город, расположенный вблизи более крупного города и составляющий с ним единую экономическую и демографическую систему) является терминологическим и пишется через дефис, в том числе в случаях, когда при нем есть зависимые слова: город-спутник Владивостока; Население Владивостока вместе с его городами-спутниками составляет...

Строго говоря, нельзя. Смысл подобного рода конструкций, где дательный падеж существительного может обозначать как субъект, так и объект действия, определяется в контексте. В то же время при данном порядке слов преобладающая часть носителей русского языка воспримет водителям как обозначение объекта действия (в том числе потому, что дательный падеж при глаголе грубить, расположенный справа от глагола, в речевом общении гораздо чаще обозначает именно объект).

Предлог в соответствии с относится к непервообразным (производным) предлогам. Оборот с таким предлогом, расположенный в начале предложения, нужно обособить в случае, если требуется обозначить его границы (чтобы предложение не выглядело двусмысленным):

Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ. – Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ.

В остальных случаях для обособления нет оснований.