Корректное употребление числительного зависит от количества элементов в организме: если речь идет об одной тысяче, правильно использовать форму единственного числа, если имеется в виду несколько тысяч элементов, уместнее форма множественного числа (ср. нужна тысяча деталей или нужны тысячи деталей).

Знаки препинания расставлены верно: О том, как отразилось в организме новотельных коров вскармливание им в сухостойный период добавки «Танамин Zn», включающей в себя лизин, метионин, хелатное соединение цинка и экстракт древесины сладкого каштана, можно судить по материалам, изложенным в данном разделе.

Запятая перед словом как разделяет части сложного предложения; запятая перед словом изложенным выделяет причастный оборот.

Правильно дефисное написание. «Большой толковый словарь русского языка» не учитывает многих закономерностей, выявленных орфографистами в последние годы и десятилетия. В вопросах правописания следует ориентироваться на орфографический словарь, а не на толковый.

Корректно: усваивается организмом. 

Запятая не нужна ни перед вторым если, ни перед и: Если в организме развилась кислотная среда от употребления большого количества обработанных продуктов или большого количества сахара и если хорошие бактерии уничтожены от приёма антибиотиков, грибки, которые находятся в организме, могут начать стремительно размножаться. Между однородными придаточными предложениями, которые соединены неповторяющимся союзом и, запятая не ставится.