НИЗВЕРГНУТЬ, низвергну, низвергнет; низвергнул и низверг, низвергла, низвергло, низвергли \\ ни[з]вергнуть; в формах с сочетанием рг[н’]: низвергнешь... – низве[рг]нешь; в форме низвергли – низве[рг]ли; в формах с сочетанием нн: низверженный... – низверже[н]ый.
Ответы справочной службы
Написание буквы з в слове низвергнутый (а также в родственных словах с начальной частью низверг(ж), например: низвергать, низвергнуть, низвержение) подчиняется правилу о приставках на з/с. Приставка выделяется при сравнении со словами свергнуть, отвергать, повергнуть. В орфографии принят более этимологичный подход к членению слова на морфемы, чем в морфемике. Этим часто объясняются расхождения в морфемном членении слова в разных источниках.
С точки зрения современного словообразования эти слова не однокоренные.