Деепричастный оборот следует заменить придаточным предложением: ...но у организации отсутствует возможность реализации своего права ответить (возразить) на предостережение, так как суть предостережения не понятна (не ясна).

Устойчивое выражение: законодатель мод.

Правильно: дело было рассмотрено в его отсутствие. Необходимо запомнить, что сочетание в присутствии пишется с буквой И на конце, а сочетание в отсутствие ('при отсутствии кого-либо') пишется с буквой Е на конце. Устойчивое сочетание в отсутствие  следует отличать от свободного сочетания предлога в и существительного отсутствие, которое в предложном падеже имеет окончание И, например: преподаватель не усмотрел криминала в отсутствии студента на лекции (=в том, что он отсутствовал).