ПРИ ВСЁМ ТОМ, ЧТО, союз Придаточные предложения, присоединяемые союзом «при всём том, что», выделяются (или отделяются) запятыми. При этом первая запятая обычно ставится не перед союзом, а между его частями (перед словом «что»). При всём том, что Петр так дорожил лесами, трудно было ему получить подробные описи лесов в государстве. Н. Костомаров, Русская история в жизнеописаниях ее главнейших деятелей. И при всём том, что она и физически и душевно стала как бы суше, этот ...

...И при всём том, что она и физически и душевно стала...

ГЛАВНЫМ ОБРАЗОМ, наречное выражение То же, что «преимущественно, в основном». Не требует постановки знаков препинания. Во мне любили главным образом превосходного врача. А. Чехов, Чайка. «Я прочел ваши стихи», – сказал он строго, как доктор, обращаясь главным образом к Вовке, что несколько меня задело... В. Катаев, Трава забвенья. Город Алтай-Виднянск состоял главным образом из небольших ...

... Очевидно, я очень физически (главным образом...

КАК (И) ПРЕЖДЕ / РАНЬШЕ, сравнительный оборот Сравнительные обороты «как (и) прежде», «как (и) раньше» обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу). Уж не снятся мне, Варя, как прежде, райские деревья да горы... А. Островский, Гроза. Снова между нами города. // Жизнь нас разлучает, как и прежде. Н. Добронравов, Надежда. Трудно было угнаться за ним. Физически он ...

...Физически он оставался могучим, как прежде....