Некоторые общие правила употребления букв имеют особенности, связанные с написанием отдельных слов или значимых частей слов. Это относится, например, к правилам написания букв и — ы, написания о — ё после шипящих и ц. Однако для удобства пользователя в своде орфографических правил эти особенности по традиции даются вместе с общими правилами.

...Некоторые общие правила употребления букв имеют особенности...

В словах иноязычного происхождения (особенно в собственных именах), а также в аббревиатурах встречаются написания, отступающие от общих правил употребления букв. Например, в некоторых иноязычных словах после букв ж, ш, ц пишутся буквы я, ю, э (брошюра, парашют, жюри, пшют, Жюль, Шяуляй, Цявловский, Цюрих; жэнь, Шэньян, Лао Шэ), а после ч — буквы ы и э (Чыонг, Чэнду). Такие написания могут отражать некоторые особенности произношения — например, нехарактерные для русского языка мягкие ж ...

...В словах иноязычного происхождения (особенно в собственных...

Буквы а, у Буквы и, ы Буквы о, ё, е после шипящих Буквы о и е после ц Буква э после шипящих и ц

...Буквы а, у Буквы и, ы Буквы о, ё, е после шипящих...