Точка в конце заголовка, состоящего из одного предложения, не ставится. В двучленном заголовке точка ставится лишь после первого предложения.
Таком образом, верен вариант без точки.
Можно предложить такие варианты: обратиться к шестой версии «Системы АСКУЭ»; обратиться к программе «Система АСКУЭ (шестая версия)».
Правильно: Это была последняя, шестая книга. Здесь шестая выступает в роли пояснительного определения к слову последняя, и поэтому между этими определениями требуется запятая (ср. пример из справочника Д. Э. Розенталя «Пунктуация»: Вскоре мы вступим в новое, XXI столетие).
Второе определение более общее. Об отличии спондея от хорея читайте в литературной энциклопедии.