Правильно: 16,5 единицы. Существительным управляет дробь: пять десятых единицы.
Правило о написании и, ы после ц в школе обычно формулируется с некоторыми терминологическими погрешностями, которые связаны с трудностями морфемного членения слов с ци и цы, со стремлением сделать правило короче, проще для формирования орфографического навыка. Вынуждены признать, что терминологические неточности приводят к конфликтам логическим и человеческим. Правила, избавляющие от названных проблем, есть, но эти правила пока малоизвестны (см., например, правило о ци и цы в «Неучебнике по русскому языку» М. А. Кронгауза, Е. В. Арутюновой и Б. А. Панова).
В словах традиция и акация гласная и после ц входит в корень. Однако в словах на -ция, -ций сочетание ци часто оказывается именно в суффиксе (например, в словах авиация, реакция, реконструкция, силиций, франций).
В 1956 году была изменена норма написания нескольких слов с сочетанием цы. Об этом изменении и других можно прочитать в статье Сергея Ефимовича Крючкова «Единый свод правил орфографии и пунктуации», опубликованной 26 мая 1956 года в «Учительской газете».