Правильно: наши.
Запятые расставлены правильно. Приложения, стоящие после определяемого слова, независимо от передаваемого ими значения разделяются запятыми и обязательно выделяются.
Мужской и женский грамматический род имеют опосредованное отношение к биологическому полу. В приведенном Вами случае возможно согласование как в мужском, так и в женском роде.
Корректно: эсминец британского королевского флота.
Следует задать вопрос от определяемого слова: методики (какие?) включенные.